KCI우수등재
RNA-seq profiling of skin in temperate and tropical cattle = RNA-seq profiling of skin in temperate and tropical cattle
저자
( Olanrewaju B. Morenikeji ) (Federal University of Technology, Nigeria) ; ( Oyeyemi O. Ajayi ) (Cornell University, USA) ; ( Sunday O. Peters ) (Berry College) ; ( Fidalis D. Mujibi ) (Usomi Ltd., Kenya) ; ( Marcos De Donato ) (Tecnologico de Monterrey) ; ( Bolaji N. Thomas ) (Rochester Institute of Technology, USA) ; ( Ikhide G. Imumorin ) (Georgia Institute of Technology) 연구자관계분석
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2020
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KCI우수등재
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학술저널
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141-168(28쪽)
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Skin is a major thermoregulatory organ in the body controlling homeothermy, a critical function for climate adaptation. We compared genes expressed between tropical- and temperate- adapted cattle to better understand genes involved in climate adaptation and hence thermoregulation. We profiled the skin of representative tropical and temperate cattle using RNAseq. A total of 214,754,759 reads were generated and assembled into 72,993,478 reads and were mapped to unique regions in the bovine genome. Gene coverage of unique regions of the reference genome showed that of 24,616 genes, only 13,130 genes (53.34%) displayed more than one count per million reads for at least two libraries and were considered suitable for downstream analyses. Our results revealed that of 255 genes expressed differentially, 98 genes were upregulated in tropically-adapted White Fulani (WF; Bos indicus) and 157 genes were down regulated in WF compared to Angus, AG (Bos taurus). Fifteen pathways were identified from the differential gene sets through gene ontology and pathway analyses. These include the significantly enriched melanin metabolic process, proteinaceous extracellular matrix, inflammatory response, defense response, calcium ion binding and response to wounding. Quantitative PCR was used to validate six representative genes which are associated with skin thermoregulation and epithelia dysfunction (mean correlation 0.92; p < 0.001). Our results contribute to identifying genes and understanding molecular mechanisms of skin thermoregulation that may influence strategic genomic selection in cattle to withstand climate adaptation, microbial invasion and mechanical damage.
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연월일 | 이력구분 | 이력상세 | 등재구분 |
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2022 | 평가예정 | 계속평가 신청대상 (등재유지) | |
2017-05-24 | 학회명변경 | 한글명 : 한국동물자원과학회 -> 한국축산학회영문명 : 미등록 -> Korean Society of Animal Sciences and Technology | |
2017-04-28 | 학술지명변경 | 한글명 : 한국동물자원과학회지 -> 한국축산학회지 | |
2017-01-01 | 평가 | 우수등재학술지 선정 (계속평가) | |
2013-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | KCI등재 |
2010-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | KCI등재 |
2008-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | KCI등재 |
2006-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | KCI등재 |
2004-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | KCI등재 |
2001-07-01 | 평가 | 등재학술지 선정 (등재후보2차) | KCI등재 |
1999-01-01 | 평가 | 등재후보학술지 선정 (신규평가) | KCI후보 |
기준연도 | WOS-KCI 통합IF(2년) | KCIF(2년) | KCIF(3년) |
---|---|---|---|
2016 | 0.28 | 0.28 | 0.27 |
KCIF(4년) | KCIF(5년) | 중심성지수(3년) | 즉시성지수 |
0.31 | 0.31 | 0.526 | 0.15 |
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