Inferring Evolutionary History From Whole Genomes: Outlier Tests and Methods Based on the Coalescent With Recombination = Inferencia de historia evolutiva a partir de genomas completos: testes de outlier e metodos baseados no coalescente com recombinacao [electronic resource]
저자
발행사항
Ann Arbor : ProQuest Dissertations & Theses, 2022
학위수여대학
University of California, Berkeley Integrative Biology
수여연도
2022
작성언어
영어
주제어
학위
Ph.D.
페이지수
1 online resource(136 p.)
지도교수/심사위원
Advisor: Nielsen, Rasmus.
Whole genome sequences allow for new, powerful inferences of evolutionary history. In addition to increasing the scale of application of traditional population genetic inferences by using them on an enormous amount of loci, genomic data also provide valuable information about the location of those sites and correlations among them, which can be leveraged for inference of evolutionary parameters. In this dissertation, I explore three types of evolutionary inferences that are thriving with the increasing availability of genomic data and new methods. In Chapter 1, I use simulations to evaluate methods for inference of ancestral recombination graphs. In Chapter 2, I apply a new method based on the pairwise sequential Markovian coalescent to infer population split times and migration rates from a pair of diploid genomes. In Chapter 3, I use population-level genomic data from the population of a rural village in Ecuador to infer signatures of selection possibly related to the beneficial effects of diet on their cardiovascular health.
equencias genomicas completas permitem novas e poderosas inferencias de historia evolutiva. Alem de aumentar a escala de aplicacao de metodos tradicionais em genetica de populacoes, usando-os em uma enorme quantidade de loci, os dados genomicos tambem fornecem informacoes valiosas sobre a localizacao desses sitios e correlacoes entre eles, que podem ser aproveitadas para inferencia de parametros evolutivos. Nesta dissertacao, exploro tres tipos de inferencias evolutivas que estao prosperando com a crescente disponibilidade de dados genomicos e novos metodos. No Capitulo 1, uso simulacoes para avaliar metodos para inferencia de grafos de recombinacao ancestral. No Capitulo 2, aplico um novo metodo baseado no modelo coalescente sequencial Markoviano par-a-par (do ingles, pairwise sequential Markovian coalescent, PSMC) para inferir tempos de separacao entre populacoes e taxas de migracao a partir de um par de genomas diploides. No Capitulo 3, utilizo dados genomicos da populacao de uma vila rural no Equador para inferir assinaturas de selecao possivelmente relacionadas aos efeitos beneficos da dieta em sua saude cardiovascular.
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