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Comparison of Ion Personal Genome Machine Platforms for the Detection of Variants in BRCA1 and BRCA2
Purpose Transition to next generation sequencing (NGS) for BRCA1/BRCA2 analysis in clinical laboratories is ongoing but different platforms and/or data analysis pipelines give different results resulting in difficulties in implementation. We have evaluated the Ion Personal Genome Machine (PGM) Platforms (Ion PGM, Ion PGM Dx, Thermo Fisher Scientific) for the analysis of BRCA1/2.
Materials and Methods The results of Ion PGM with OTG-snpcaller, a pipeline based on Torrent mapping alignment program and Genome Analysis Toolkit, from 75 clinical samples and 14 reference DNA samples were compared with Sanger sequencing for BRCA1/BRCA2. Ten clinical samples and 14 reference DNA samples were additionally sequenced by Ion PGM Dx with Torrent Suite.
Results Fifty types of variants including 18 pathogenic or variants of unknown significance were identified from 75 clinical samples and known variants of the reference samples were confirmed by Sanger sequencing and/or NGS. One false-negative results were present for Ion PGM/OTG-snpcaller for an indel variant misidentified as a single nucleotide variant. However, eight discordant results were present for Ion PGM Dx/Torrent Suite with both falsepositive and -negative results. A 40-bp deletion, a 4-bp deletion and a 1-bp deletion variant was not called and a false-positive deletion was identified. Four other variants were misidentified as another variant.
Conclusion Ion PGM/OTG-snpcaller showed acceptable performance with good concordance with Sanger sequencing. However, Ion PGM Dx/Torrent Suite showed many discrepant results not suitable for use in a clinical laboratory, requiring further optimization of the data analysis for calling variants.
분석정보
연월일 | 이력구분 | 이력상세 | 등재구분 |
---|---|---|---|
2024 | 평가예정 | 해외DB학술지평가 신청대상 (해외등재 학술지 평가) | |
2021-01-01 | 평가 | 등재학술지 선정 (해외등재 학술지 평가) | KCI등재 |
2020-12-01 | 평가 | 등재후보로 하락 (해외등재 학술지 평가) | KCI후보 |
2010-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | KCI등재 |
2008-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | KCI등재 |
2005-05-27 | 학술지명변경 | 한글명 : 대한암학회지 -> Cancer Research and Treatment | KCI등재 |
2005-01-01 | 평가 | 등재학술지 선정 (등재후보2차) | KCI등재 |
2004-01-01 | 평가 | 등재후보 1차 PASS (등재후보1차) | KCI후보 |
2002-01-01 | 평가 | 등재후보학술지 선정 (신규평가) | KCI후보 |
기준연도 | WOS-KCI 통합IF(2년) | KCIF(2년) | KCIF(3년) |
---|---|---|---|
2016 | 3.58 | 0.89 | 3.01 |
KCIF(4년) | KCIF(5년) | 중심성지수(3년) | 즉시성지수 |
2.62 | 2.28 | 1.846 | 0.26 |
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