SCOPUS
SCIE
Gene profile of fibroblasts identify relation of CCL8 with idiopathic pulmonary fibrosis
저자
Lee, Jong-Uk ; Cheong, Hyun Sub ; Shim, Eun-Young ; Bae, Da-Jeong ; Chang, Hun Soo ; Uh, Soo-Taek ; Kim, Young Hoon ; Park, Jong-Sook ; Lee, Bora ; Shin, Hyoung Doo ; Park, Choon-Sik
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학술지명
권호사항
발행연도
2017
작성언어
-주제어
등재정보
SCOPUS,SCIE
자료형태
학술저널
수록면
3
제공처
<P><B>Background</B></P><P>Idiopathic pulmonary fibrosis (IPF) is characterized by the complex interaction of cells involved in chronic inflammation and fibrosis. Global gene expression of a homogenous cell population will identify novel candidate genes.</P><P><B>Methods</B></P><P>Gene expression of fibroblasts derived from lung tissues (8 IPF and 4 controls) was profiled, and ontology and functional pathway were analyzed in the genes exhibiting >2 absolute fold changes with <I>p</I>-values < 0.05. <I>CCL8</I> mRNA and protein levels were quantified using real-time PCR and ELISA. <I>CCL8</I> localization was evaluated by immunofluorescence staining.</P><P><B>Results</B></P><P>One hundred seventy eight genes differentially expressed and 15 genes exhibited >10-fold change. Among them, 13 were novel in relation with IPF. <I>CCL8</I> expression was 22.8-fold higher in IPF fibroblasts. The levels of <I>CCL8</I> mRNA and protein were 3 and 9-fold higher in 14 IPF fibroblasts than those in 10 control fibroblasts by real-time PCR and ELISA (<I>p</I> = 0.022 and <I>p</I> = 0.026, respectively). The <I>CCL8</I> concentrations in BAL fluid was significantly higher in 86 patients with IPF than those in 41 controls, and other interstitial lung diseases including non-specific interstitial pneumonia (<I>n</I> = 22), hypersensitivity pneumonitis (<I>n</I> = 20) and sarcoidosis (<I>n</I> = 19) (<I>p</I> < 0.005, respectively). Cut-off values of 2.29 pg/mL and 0.43 pg/mL possessed 80.2 and 70.7% accuracy for the discrimination of IPF from NC and the other lung diseases, respectively. IPF subjects with <I>CCL8</I> levels >28.61 pg/mL showed shorter survival compared to those with lower levels (<I>p</I> = 0.012). <I>CCL8</I> was expressed by α-SMA-positive cells in the interstitium of IPF.</P><P><B>Conclusions</B></P><P>Transcriptome analysis identified several novel IPF-related genes. Among them, <I>CCL8</I> is a candidate molecule for the differential diagnosis and prediction of survival.</P><P><B>Electronic supplementary material</B></P><P>The online version of this article (doi:10.1186/s12931-016-0493-6) contains supplementary material, which is available to authorized users.</P>
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