KCI등재
SCOPUS
SCIE
Identification of Potential microRNAs and Their Targets in Brassica rapa L.
저자
Vignesh Dhandapani (Chungnam National University) ; Nirala Ramchiary (Chungnam National University) ; Parameswari Paul (Chungnam National University) ; 김준기 (충남대학교) ; 최선희 (충남대학교) ; Jeongyeo Lee (Chungnam National Univeristy) ; Yoonkang Hur (Chungnam National Univeristy) ; 임용표 (충남대학교)
발행기관
학술지명
권호사항
발행연도
2011
작성언어
English
주제어
등재정보
KCI등재,SCOPUS,SCIE
자료형태
학술저널
수록면
21-37(17쪽)
KCI 피인용횟수
31
제공처
MicroRNAs (miRNAs) are recently discovered, noncoding, small regulatory RNA molecules that negatively regulate gene expression. Although many miRNAs are identified and validated in many plant species, they remain largely unknown in Brassica rapa (AA 2n =, 20). B. rapa is an important Brassica crop with wide genetic and morphological diversity resulting in several subspecies that are largely grown for vegetables, oilseeds, and fodder crop production. In this study, we identified 186 miRNAs belonging to 55 families in B. rapa by using comparative genomics. The lengths of identified mature and pre-miRNAs ranged from 18 to 22 and 66 to 305 nucleotides, respectively. Comparison of 4 nucleotides revealed that uracil is the predominant base in the first position of B. rapa miRNA, suggesting that it plays an important role in miRNA- mediated gene regulation. Overall, adenine and guanine were predominant in mature miRNAs, while adenine and uracil were predominant in pre-miRNA sequences. One DNA sequence producing both sense and antisense mature miRNAs belonging to the BrMiR 399 family, which differs by 1 nucleotide at the, 20th position, was identified. In silico analyses, using previously established methods, predicted 66 miRNA target mRNAs for 33 miRNA families. The majority of the target genes were transcription factors that regulate plant growth and development, followed by a few target genes that are involved in fatty acid metabolism, glycolysis, biotic and abiotic stresses, and other cellular processes. Northern blot and qRT-PCR analyses of RNA samples prepared from different B. rapa tissues for 17 miRNA families revealed that miRNAs are differentially expressed both quantitatively and qualita-tively in different tissues of B. rapa.
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연월일 | 이력구분 | 이력상세 | 등재구분 |
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2023 | 평가예정 | 해외DB학술지평가 신청대상 (해외등재 학술지 평가) | |
2020-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (해외등재 학술지 평가) | KCI등재 |
2012-11-07 | 학술지명변경 | 한글명 : 분자와 세포 -> Molecules and Cells | KCI등재 |
2008-01-01 | 평가 | SCI 등재 (등재유지) | KCI등재 |
2006-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | KCI등재 |
2004-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | KCI등재 |
2001-01-01 | 평가 | 등재학술지 선정 (등재후보2차) | KCI등재 |
1998-07-01 | 평가 | 등재후보학술지 선정 (신규평가) | KCI후보 |
기준연도 | WOS-KCI 통합IF(2년) | KCIF(2년) | KCIF(3년) |
---|---|---|---|
2016 | 2.77 | 0.19 | 1.85 |
KCIF(4년) | KCIF(5년) | 중심성지수(3년) | 즉시성지수 |
1.37 | 1.11 | 0.379 | 0.03 |
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