KCI등재
순종 Landrace 집단을 이용한 등심단면적 관련 후보유전자 PDE4D의 전장유전체 관련성 분석 = Genome-wide Association Study and Positonal Candidate Gene Studies in PDE4D with Loin Muscle Area in a Purebred Landrace Population
저자
정은지 (경상대학교) ; 김혜인 (경상대학교) ; 이재봉 (경상대학교) ; 유채경 (경상대학교) ; 김범모 (경상대학교) ; 박희복 (경상대학교) ; 이정규 (경상대학교) ; 임현태 (경상대학교)
발행기관
경상대학교 농업생명과학연구원(Institute of Agriculture & Life Sciences, Gyeongsang National University)
학술지명
권호사항
발행연도
2013
작성언어
Korean
주제어
등재정보
KCI등재
자료형태
학술저널
수록면
237-245(9쪽)
KCI 피인용횟수
0
제공처
소장기관
Pigs' growth traits, which are quantitative traits that have continuous variations, such as body length, width, and weight, are important economic traits directly related to the productivity and profitability of the pig-raising industry. Growth traits include daily weight gain, back fat thickness, loin muscle area(LMA), and carcass quality. To select candidate genes related to LMA among them at the genome-wide level, 490 purebred landrace groups(50 males and 440 females) were analyzed using porcine SNP 60K chips. Using the Plink program, 31,960 SNP markers were finally selected through a filtering process. When a genome-wide threshold level was determined using Bonferroni correction(i.e. 1/31957=3.12×10-5), four significant SNP markers were found on SSC16. PDE4D was selected as a candidate gene for DRGA0016148(P=1.38×10-5), which is the most significant SNP marker among them, and two SNPs(g.9870 T>C, g.3976 C>T) were found in PDE4D. The present study was conducted to establish the relationship between LMA and the PDE4D as candidate gene by selecting SNPs related to LMA using GWAS. However, a negative correlation was shown at PDE4D g.9870 T>C with a linear regression analysis P-value of 0.7581 and only homo types were identified at PDE4D g.3976 C>T.
더보기돼지의 체장, 체폭, 체중 등의 연속적인 변이를 가지는 양적형질에 속하는 형질인 성장형질은 양돈업에 있어서 생산성과 수익성에 직결된 중요한 경제 형질이다. 성장형질로는 일당증체량, 등지방두께, 등심단면적 및 도체품질 등이 있으며, 그중에서 등심단면적과 관련이 있는 후보 유전자를 Genome-wide 수준에서 선발하기 위하여 Illumina 사의 Porcine SNP 60K chip을 이용하여 순종 Landrace 집단(수컷 : 50두, 암컷 : 440두)을 분석하였다. Plink program을 이용하여 filtering 과정을 거쳐 최종적으로 31,960개의 SNP marker를 선별하였으며, Genome-wide 임계수준을 bonferroni correction (i.e. 1/31957=3.12×10-5)을 이용해서 결정했을 때, SSC16에서 유의성 있는 4개의 SNP marker들을 발견하였다. 이 중 가장 유의성 있는 SNP marker인 DRGA0016148(P=1.38×10-5)와 근접한 후보유전자로 PDE4D를 선정하였고, PDE4D에서 2개(g.9870 T>C, g3976 C>T)의 SNP를 탐색하였다. 본 연구에서는 Genome-wide association study (GWAS)를 이용하여 등심단면적과 관련성이 있는 SNP를 선발하여, 등심단면적과 후보유전자 PDE4D와의 관련성을 규명하고자 연구를 실시하였으나, PDE4D g.9870 T>C에서는 Hardy-weinberg equilibrium P-value 0.7581로 음의 상관관계를 나타내었으며, PDE4D g.3976 C>T에서는 모두 호모타입이 확인되었다.
더보기분석정보
연월일 | 이력구분 | 이력상세 | 등재구분 |
---|---|---|---|
2028 | 평가예정 | 재인증평가 신청대상 (재인증) | |
2022-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (재인증) | KCI등재 |
2019-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (계속평가) | KCI등재 |
2016-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (계속평가) | KCI등재 |
2012-06-29 | 학술지명변경 | 외국어명 : 미등록 -> Journal of Agriculture & Life Science | KCI등재 |
2012-04-13 | 학회명변경 | 영문명 : Institute of Agriculture & Life Scienes Gyeongsang National University -> Institute of Agriculture & Life Science, Gyeongsang National University | KCI등재 |
2012-01-01 | 평가 | 등재 1차 FAIL (등재유지) | KCI등재 |
2009-01-01 | 평가 | 등재학술지 선정 (등재후보2차) | KCI등재 |
2008-01-01 | 평가 | 등재후보 1차 PASS (등재후보1차) | KCI후보 |
2006-01-01 | 평가 | 등재후보학술지 선정 (신규평가) | KCI후보 |
기준연도 | WOS-KCI 통합IF(2년) | KCIF(2년) | KCIF(3년) |
---|---|---|---|
2016 | 0.37 | 0.37 | 0.35 |
KCIF(4년) | KCIF(5년) | 중심성지수(3년) | 즉시성지수 |
0.37 | 0.37 | 0.581 | 0.07 |
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