중합효소연쇄반응을 이용한 도말양성 폐결핵 환자에서의 결핵균 DNA 검출방법에 관한 연구 = Comparison of DNA Extraction Methods in 32 Patients with Smear-Positive Sputa Using Polymerase Chain Reaction
Polymerase chain reaction (PCR) is the most sensitive and rapid method for the diagnosis of M.tuberculosis infection. Many reports have shown different methods for mycobacterial DNA extraction, but revealed many differences in simplicity and time-consumption. We studied which method was the best among 7 different ones for DNA extraction from 32 smear-positive sputa, using PCR of targeting 123bp DNA fragment of IS6110.
The methods were the following : SDS-Microwave oven method, NaOH Lysis method, Triton X-100, Proteinase K method, Lysis buffer method. SDS-Proteinase K method, Bead Beater method, and Bead Beater/CTAB method. The amplification products were identified by electrophoresis on ethidium bromide-stained agarose gels, and confirmed by restriction enzyme, Southern blot hybridization, and DNA sequencing.
All 32 cases were positive (100%) by the 7 different methods. It took 1 hour or more to detect DNA in SDS-Microwave oven method, NaOH Lysis method, and Bead beater/CTAB method. It took 2 hours or less in the others. SDS-Proteinase K method and Bead Beater/CTAB method were simpler and more convinient than the others.
These results suggest that SDS-Proteinase K method and Bead Beater/CTAB method might be better than the others for the extraction of mycobacterial DNA in terms of simplicity and time-consumption, although all the methods were sensitive.
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