KCI등재
SCOPUS
SCIE
Complete genome sequence and comparative analysis of Streptomyces seoulensis, a pioneer strain of nickel superoxide dismutase
저자
Jihoon Shin (Seoul National University College of Medicine) ; Shinae Park (Kangwon National University) ; Jung‑Shin Lee (Kangwon National University) ; Eun‑Jin Lee (Korea University) ; Hong‑Duk Youn (Seoul National University College of Medicine) 연구자관계분석
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2020
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English
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KCI등재,SCOPUS,SCIE
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학술저널
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273-281(9쪽)
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Background Streptomyces seoulensis has contributed to the discovery and initiation of extensive research into nickel superoxide dismutase (NiSOD), a unique type of superoxide dismutase found in actinomycetes. Still so far, there is no information about whole genome sequence of this strain. Objective To investigate complete genome sequence and perform bioinformatic analyses for genomic functions related with nickel-associated genes. Methods DNA was extracted using the Wizard Genomic DNA Purification Kit then sequenced using a Pacific Biosciences SMRT cell 8Pac V3 DNA Polymerase Binding Kit P6 with the PacBiov2 RSII platform. We assembled the PacBio longreads with the HGAP3 pipeline. Results We obtained complete genome sequence of S. seoulensis, which comprises a 6,339,363 bp linear chromosome. While analyzing the genome to annotate the genomic function, we discovered the nickel-associated genes. We observed that the sodN gene encoding for NiSOD is located adjacent to the sodX gene, which encodes for the nickel-type superoxide dismutase maturation protease. In addition, several nickel-associated genes and gene clusters-nickel-responsive regulator, nickel uptake transporter, nickel–iron [NiFe]-hydrogenase and other putative genes were also detected. Strain specific genes were discovered through a comparative analysis of S. coelicolor and S. griseus. Further bioinformatic analyses revealed that this strain encodes at least 22 putative biosynthetic gene clusters, thereby implying that S. seoulensis has the potential to produce novel bioactive compounds. Conclusion We annotated the genome and determined nickel-associated genes and gene clusters and discovered biosynthetic gene clusters for secondary metabolites implying that S. seoulensis produces novel types of bioactive compounds.
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연월일 | 이력구분 | 이력상세 | 등재구분 |
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2023 | 평가예정 | 해외DB학술지평가 신청대상 (해외등재 학술지 평가) | |
2020-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (해외등재 학술지 평가) | KCI등재 |
2015-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | KCI등재 |
2012-05-07 | 학술지명변경 | 한글명 : 한국유전학회지 -> Genes & Genomics | KCI등재 |
2011-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | KCI등재 |
2009-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | KCI등재 |
2008-04-14 | 학술지명변경 | 외국어명 : Korean Journal of Genetics -> Genes and Genomics | KCI등재 |
2007-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | KCI등재 |
2004-01-01 | 평가 | 등재학술지 선정 (등재후보2차) | KCI등재 |
2003-01-01 | 평가 | 등재후보 1차 PASS (등재후보1차) | KCI후보 |
2002-01-01 | 평가 | 등재후보학술지 유지 (등재후보1차) | KCI후보 |
1999-07-01 | 평가 | 등재후보학술지 선정 (신규평가) | KCI후보 |
기준연도 | WOS-KCI 통합IF(2년) | KCIF(2년) | KCIF(3년) |
---|---|---|---|
2016 | 0.51 | 0.12 | 0.38 |
KCIF(4년) | KCIF(5년) | 중심성지수(3년) | 즉시성지수 |
0.32 | 0.27 | 0.258 | 0.02 |
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