SCIE
SCOPUS
KCI등재
Genome-wide identification and analysis of long noncoding RNAs in longissimus muscle tissue from Kazakh cattle and Xinjiang brown cattle
저자
Yan, Xiang-Min (Jilin University) ; Zhang, Zhe (Jilin University) ; Liu, Jian-Bo (Jilin University) ; Li, Na (Institute of Animal Husbandry, Xinjiang Academy of Animal Husbandry, China) ; Yang, Guang-Wei (Yili State Animal Husbandry General Station, China) ; Luo, Dan (Jilin University) ; Zhang, Yang (Institute of Animal Husbandry, Xinjiang Academy of Animal Husbandry, China) ; Yuan, Bao (Jilin University) ; Jiang, Hao (Jilin University) ; Zhang, Jia-Bao (Jilin University) 연구자관계분석
발행기관
Asian Australasian Association of Animal Production Societies
학술지명
Animal Bioscience (ASIAN-AUSTRALASIAN JOURNAL OF ANIMAL SCIENCES)
권호사항
발행연도
2021
작성언어
English
주제어
등재정보
SCIE,SCOPUS,KCI등재
자료형태
학술저널
수록면
1739-1748(10쪽)
KCI 피인용횟수
0
DOI식별코드
제공처
소장기관
Objective: In recent years, long noncoding RNAs (lncRNAs) have been identified in many species, and some of them have been shown to play important roles in muscle development and myogenesis. However, the differences in lncRNAs between Kazakh cattle and Xinjiang brown cattle remain undefined; therefore, we aimed to confirm whether lncRNAs are differentially expressed in the longissimus dorsi between these two types of cattle and whether differentially expressed lncRNAs regulate muscle differentiation. Methods: We used RNA-seq technology to identify lncRNAs in longissimus muscles from these cattle. The expression of lncRNAs were analyzed using StringTie (1.3.1) in terms of the fragments per kilobase of transcript per million mapped reads values of the encoding genes. The differential expression of the transcripts in the two samples were analyzed using the DESeq R software package. The resulting false discovery rate was controlled by the Benjamini and Hochberg's approach. KOBAS software was utilized to measure the expression of different genes in Kyoto encyclopedia of genes and genomes pathways. We randomly selected eight lncRNA genes and validated them by quantitative reverse transcription polymerase chain reaction (RT-qPCR). Results: We found that 182 lncRNA transcripts, including 102 upregulated and 80 downregulated transcripts, were differentially expressed between Kazakh cattle and Xinjiang brown cattle. The results of RT-qPCR were consistent with the sequencing results. Enrichment analysis and functional annotation of the target genes revealed that the differentially expressed lncRNAs were associated with the mitogen-activated protein kinase, Ras, and phosphatidylinositol 3-kinase (PI3k)/Akt signaling pathways. We also constructed a lncRNA/mRNA coexpression network for the PI3k/Akt signaling pathway. Conclusion: Our study provides insights into cattle muscle-associated lncRNAs and will contribute to a more thorough understanding of the molecular mechanism underlying muscle growth and development in cattle.
더보기분석정보
연월일 | 이력구분 | 이력상세 | 등재구분 |
---|---|---|---|
2023 | 평가예정 | 해외DB학술지평가 신청대상 (해외등재 학술지 평가) | |
2021-01-01 | 학술지명변경 | 한글명 : ASIAN-AUSTRALASIAN JOURNAL OF ANIMAL SCIENCES -> Animal Bioscience외국어명 : ASIAN-AUSTRALASIAN JOURNAL OF ANIMAL SCIENCES -> Animal Bioscience | KCI등재 |
2020-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (해외등재 학술지 평가) | KCI등재 |
2013-10-01 | 평가 | SCI 등재 (등재유지) | KCI등재 |
2013-10-01 | 평가 | SCOPUS 등재 (등재유지) | KCI등재 |
2012-01-01 | 평가 | 등재후보학술지 유지 (기타) | KCI후보 |
2011-01-01 | 평가 | 등재후보 1차 PASS (등재후보1차) | KCI후보 |
2009-12-29 | 학회명변경 | 한글명 : 아세아ㆍ태평양축산학회 -> 아세아·태평양축산학회 | KCI후보 |
2005-09-28 | 학술지명변경 | 한글명 : 아세아태평양축산학회지 -> ASIAN-AUSTRALASIAN JOURNAL OF ANIMAL SCIENCES | KCI후보 |
2003-01-01 | 평가 | SCIE 등재 (신규평가) | KCI후보 |
기준연도 | WOS-KCI 통합IF(2년) | KCIF(2년) | KCIF(3년) |
---|---|---|---|
2016 | 1.03 | 0.23 | 0.76 |
KCIF(4년) | KCIF(5년) | 중심성지수(3년) | 즉시성지수 |
0.6 | 0.5 | 0.367 | 0.04 |
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