국내 에이즈환자에서 발견된 새로운 인간면역부전 바이러스 아형 = Identificaton of New Subtype of Human Immunodeficiency Virus Type 1 in a Korean Patient
저자
김남중 (서울대학교 의과대학 내과학교실) ; 이선희 (서울대학교 의과대학 내과학교실) ; 박상원 (서울대학교 의과대학 내과학교실) ; 최희정 (서울대학교 의과대학 내과학교실) ; 김도마 (서울대학교 의과대학 내과학교실) ; 최정윤 (서울대학교 의과대학 내과학교실) ; 김진욱 (서울대학교 의과대학 내과학교실) ; 김의석 (서울대학교 의과대학 내과학교실) ; Feng Gao (Department of Medicine and Microbiology, University of Alabama) ; 오명돈 (서울대학교 의과대학 내과학교실) ; 최강원 (서울대학교 의과대학 내과학교실)
발행기관
학술지명
권호사항
발행연도
2001
작성언어
Korean
주제어
KDC
513.90
자료형태
학술저널
발행기관 URL
수록면
71-77(7쪽)
제공처
Backgroud : In the previous study, we determined subtypes of Human Immunodeficiency Virus type 1 (HIV-1) in Korean patients by partial sequence analysis. We showed that eighteen of the nineteen sequences of HIV-1 from Korean fell into subtype B and one fell into subtype A. At that study, HIV-1 identified as subtype A showed 40% diversity from reference sequences and presumed to be a variant of subtype A. The aim of present study is to determine the molecuar biological characteristics of HIV-1 previously identified as subtype A.
Methods : Growth curve was determined. SI/NSI phenotype was determined using a cocultivation assay using MT-2 cells. A complete genome sequence was obtained by amplifying overlapping PCR fragments.
Cowork was done to identify the subtype of HIV-1 previously identified as variant A from Korea (97-KRO04), Cyprus (94CY017), Democratic Republic of Congo (97CDKTB48, 97CDKFE4, 97CDKS10, 97-CDKP58). Phylogenetic analysis, distance analysis, diversity plot analysis, bootstrap anlysis were done to identify the subtype of these newly characterized strains.
Results : We found that 97KR004 was SI pheno-type. Complete sequence of 97KR004 was determined (AF286239). Phylogenetic analysis showed that the four newly characterized strains (94CY017, 97CDKTB-48, 97CDKFE4, 97CDKS10) were closely related to subtype A. Subtype distance tool showed that these four strains fell to sub-subtype A2. Diversity plot an-alysis and bootstrap analysis were done to identify subtype of 97KR004. Nine subtype reference strains and 94CY017 strain were used as reference sequences.
These analyses confirmed that 97KR004 represented sub-subtype A2/subtype D recombinant.
Conclusion : We showed that 97KR004 fell into newly identified sub-subtype A2. (Korean J Infect Dis 33:71∼77, 2001)
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