KCI등재
SCIE
SCOPUS
Genetic diversity and population genetic structure of Cambodian indigenous chickens
저자
Ren Theary (National Animal Health and Production Research Institute, Cambodia) ; Nunome Mitsuo (Avian Bioscience Research Center, Graduate School of Bioagricultural Sciences, Japan) ; Suzuki Takayuki (Department of Animal Sciences, Graduate School of Bioagricultural Sciences, Nagoya University) ; Matsuda Yoichi (Department of Animal Sciences, Graduate School of Bioagricultural Sciences, Nagoya University) 연구자관계분석
발행기관
학술지명
Animal Bioscience (ASIAN-AUSTRALASIAN JOURNAL OF ANIMAL SCIENCES)
권호사항
발행연도
2022
작성언어
English
주제어
등재정보
KCI등재,SCIE,SCOPUS
자료형태
학술저널
수록면
826-837(12쪽)
KCI 피인용횟수
0
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소장기관
Objective: Cambodia is located within the distribution range of the red junglefowl, the common ancestor of domestic chickens. Although a variety of indigenous chickens have been reared in Cambodia since ancient times, their genetic characteristics have yet to be sufficiently defined. Here, we conducted a large-scale population genetic study to investigate the genetic diversity and population genetic structure of Cambodian indigenous chickens and their phylogenetic relationships with other chicken breeds and native chickens worldwide.
Methods: A Bayesian phylogenetic tree was constructed based on 625 mitochondrial DNA D-loop sequences, and Bayesian clustering analysis was performed for 666 individuals with 23 microsatellite markers, using samples collected from 28 indigenous chicken populations in 24 provinces and three commercial chicken breeds.
Results: A total of 92 haplotypes of mitochondrial D-loop sequences belonging to haplogroups A to F and J were detected in Cambodian chickens; in the indigenous chickens, haplogroup D (44.4%) was the most common, and haplogroups A (21.0%) and B (13.2%) were also dominant. However, haplogroup J, which is rare in domestic chickens but abundant in Thai red junglefowl, was found at a high frequency (14.5%), whereas the frequency of haplogroup E was considerably lower (4.6%). Population genetic structure analysis based on microsatellite markers revealed the presence of three major genetic clusters in Cambodian indigenous chickens. Their genetic diversity was relatively high, which was similar to findings reported for indigenous chickens from other Southeast Asian countries.
Conclusion: Cambodian indigenous chickens are characterized by mitochondrial D-loop haplotypes that are common to indigenous chickens throughout Southeast Asia, and may retain many of the haplotypes that originated from wild ancestral populations. These chickens exhibit high population genetic diversity, and the geographical distribution of three major clusters may be attributed to inter-regional trade and poultry transportation routes within Cambodia or international movement between Cambodia and other countries.
Objective: Cambodia is located within the distribution range of the red junglefowl, the common ancestor of domestic chickens. Although a variety of indigenous chickens have been reared in Cambodia since ancient times, their genetic characteristics have yet to be sufficiently defined. Here, we conducted a large-scale population genetic study to investigate the genetic diversity and population genetic structure of Cambodian indigenous chickens and their phylogenetic relationships with other chicken breeds and native chickens worldwide.Methods: A Bayesian phylogenetic tree was constructed based on 625 mitochondrial DNA D-loop sequences, and Bayesian clustering analysis was performed for 666 individuals with 23 microsatellite markers, using samples collected from 28 indigenous chicken populations in 24 provinces and three commercial chicken breeds.Results: A total of 92 haplotypes of mitochondrial D-loop sequences belonging to haplogroups A to F and J were detected in Cambodian chickens; in the indigenous chickens, haplogroup D (44.4%) was the most common, and haplogroups A (21.0%) and B (13.2%) were also dominant. However, haplogroup J, which is rare in domestic chickens but abundant in Thai red junglefowl, was found at a high frequency (14.5%), whereas the frequency of haplogroup E was considerably lower (4.6%). Population genetic structure analysis based on microsatellite markers revealed the presence of three major genetic clusters in Cambodian indigenous chickens. Their genetic diversity was relatively high, which was similar to findings reported for indigenous chickens from other Southeast Asian countries.Conclusion: Cambodian indigenous chickens are characterized by mitochondrial D-loop haplotypes that are common to indigenous chickens throughout Southeast Asia, and may retain many of the haplotypes that originated from wild ancestral populations. These chickens exhibit high population genetic diversity, and the geographical distribution of three major clusters may be attributed to inter-regional trade and poultry transportation routes within Cambodia or international movement between Cambodia and other countries.
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연월일 | 이력구분 | 이력상세 | 등재구분 |
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2023 | 평가예정 | 해외DB학술지평가 신청대상 (해외등재 학술지 평가) | |
2021-01-01 | 학술지명변경 | 한글명 : ASIAN-AUSTRALASIAN JOURNAL OF ANIMAL SCIENCES -> Animal Bioscience외국어명 : ASIAN-AUSTRALASIAN JOURNAL OF ANIMAL SCIENCES -> Animal Bioscience | KCI등재 |
2020-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (해외등재 학술지 평가) | KCI등재 |
2013-10-01 | 평가 | SCI 등재 (등재유지) | KCI등재 |
2013-10-01 | 평가 | SCOPUS 등재 (등재유지) | KCI등재 |
2012-01-01 | 평가 | 등재후보학술지 유지 (기타) | KCI후보 |
2011-01-01 | 평가 | 등재후보 1차 PASS (등재후보1차) | KCI후보 |
2009-12-29 | 학회명변경 | 한글명 : 아세아ㆍ태평양축산학회 -> 아세아·태평양축산학회 | KCI후보 |
2005-09-28 | 학술지명변경 | 한글명 : 아세아태평양축산학회지 -> ASIAN-AUSTRALASIAN JOURNAL OF ANIMAL SCIENCES | KCI후보 |
2003-01-01 | 평가 | SCIE 등재 (신규평가) | KCI후보 |
기준연도 | WOS-KCI 통합IF(2년) | KCIF(2년) | KCIF(3년) |
---|---|---|---|
2016 | 1.03 | 0.23 | 0.76 |
KCIF(4년) | KCIF(5년) | 중심성지수(3년) | 즉시성지수 |
0.6 | 0.5 | 0.367 | 0.04 |
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