KCI등재
벼 미숙종자의 발현유전자 구조특성분석 = Structural analysis of expressed sequence tags in immature seed of Oryza sativa L.
Rice (Oryza sativa) is the most important staple crop in Korea. With its small genome size of 389Mb, rice is a model plant for genome research. We analyzed expressed sequence tag (EST) clones from immature seeds of rice (cv. Ilpum) at 20 days after heading. The 25,668 EST clones were clustered by using SeqMan program and 7,509 clones were selected as unique clones. We compared the 7,509 unique genes with KOME database including the 32,127 FL-cDNA in rice. Finally, 4,990 clones were homologous and 2,519 clones non-homologous to FL-cDNA clones. In addition, we mapped the 7,509 cDNA clones by using TIGR rice pseudomolecule version 5. Ultimately, 7,347 clones were matched to be significant clones related to the TIGR rice pseudomolecules, but 162 clones were unmapped. For the clustering of orthologous group genes, we further analyzed the 7,509 EST clones from immature seeds using NCBI clusters of orthologous groups database. Among the clones, 4,968 clones were categorized into information storage and processing, cellular processes and signaling, metabolism and poorly characterized genes, proportioning 799 (14.89%), 1,536 (28.3%), 1,148 (21.2%) and 1,936 (35.7%) clones to the previous four categories, respectively.
더보기벼는 국내에서 가장 중요한 식량작물로 게놈 크기가 389Mb이
며 식물 유전자 기능분석을 위한 모델 작물이다. 종자 발달과정에
관여하는 유전자의 기능을 분석하기 위하여 일품벼의 미숙종자(출
수 후 20일)의 발현유전자의 염기서열을 결정하였다. 염기서열이
결정된 25,668개의 발현유전자를 SeqMan 프로그램을 이용하여
cluster를 분석하여 7,509개의 unigene을 분리하였다. 일본 농업생물
자원연구소의 완전장 cDNA 32,127 클론 (KOME)과 미숙종자 발현
cDNA 7,509개를 비교분석 한 결과 4,990개는 일본의 클론과 일치
하였으며 2,519개 클론은 상동성을 나타내지 않았다. 미숙종자발
현 7,509개 unigene을 TIGR Pseudomolecule ver. 5의 염색체에
mapping 한 결과 7,347개는 각 염색체에 mapping되었으며 162개는
mapping되지 않았다.
미숙종자발현 7,509개 유전자의 기능을 NCBI COG DB를 이용
하여 분류한 결과 정보축적 및 처리 기능관련유전자 14.8%, 세포
생리기능관련 유전자 28.3%, 대사관련 유전자 21.2% 그리고 기능
미확인 유전자 35.7%의 비율을 나타내었다.
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