SCOPUS
SCIE
Sample preparation for detection of low abundance proteins in human plasma using ultra-high performance liquid chromatography coupled with highly accurate mass spectrometry
저자
Seong, Yunseo ; Yoo, Young Sook ; Akter, Hafeza ; Kang, Min-Jung
발행기관
학술지명
Journal of chromatography. B, Analytical technologies in the biomedical and life sciences
권호사항
발행연도
2017
작성언어
-주제어
등재정보
SCOPUS,SCIE
자료형태
학술저널
수록면
272-280(9쪽)
제공처
<P><B>Abstract</B></P> <P>Proteomics is a valuable approach to discover biomarkers in human plasma for early diagnosis. However, detection of biomarkers in the plasma is still challenging because of its large protein content. In our study, we established albumin/IgG depletion methods for identification of low abundance proteins using two commercial kits with additional buffer conditions and various concentrations of cold acetone. Trypsin digestion, desalting, and data-dependent acquisition were also optimized. More than 80% depletion of albumin/IgG was achieved with two commercial kits and 98% depletion of albumin was obtained with 70% cold acetone. Recovery of four reference proteins, BNP (47–76), insulin, cytochrome c, and ubiquitin was obtained in all optimized methods. The best recovery of reference proteins was obtained using the ProteoExtract albumin/IgG removal kit with buffer A (61%–106%). After cold acetone precipitation, three reference proteins were recovered more than 48% except ubiquitin (12%). The number of identified proteins by Mascot was 28, 35, 17, and 34 for ProteoExtract, ProteoPrep, 70%, and 50% cold acetone, respectively. Furthermore, optimized methods detected MS/MS fragmentation patterns of elevated BNP in patient samples with cardiac disease. Our study provides the conditions for efficient biomarker discovery by minimal removing of high abundant proteins.</P> <P><B>Highlights</B></P> <P> <UL> <LI> Low abundance proteins as biomarker candidates were detected after simple sample preparation. </LI> <LI> UHPLC-MS/MS conditions and Mascot parameters were optimized for low abundance biomarker discovery. </LI> <LI> The established method was practically applied to discover BNP fragments from patient plasma samples with AMI. </LI> </UL> </P>
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