SCOPUS
SCIE
Quantitative selection of DNA aptamers through microfluidic selection and high-throughput sequencing.
저자
Cho, Minseon ; Xiao, Yi ; Nie, Jeff ; Stewart, Ron ; Csordas, Andrew T ; Oh, Seung Soo ; Thomson, James A ; Soh, H Tom
발행기관
학술지명
PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA -
권호사항
발행연도
2010
작성언어
-등재정보
SCOPUS,SCIE
자료형태
학술저널
수록면
15373-15378(6쪽)
제공처
<P>We describe the integration of microfluidic selection with high-throughput DNA sequencing technology for rapid and efficient discovery of nucleic acid aptamers. The Quantitative Selection of Aptamers through Sequencing method tracks the copy number and enrichment-fold of more than 10 million individual sequences through multiple selection rounds, enabling the identification of high-affinity aptamers without the need for the pool to fully converge to a small number of sequences. Importantly, this method allows the discrimination of sequences that arise from experimental biases rather than true high-affinity target binding. As a demonstration, we have identified aptamers that specifically bind to PDGF-BB protein with K(d) < 3 nM within 3 rounds. Furthermore, we show that the aptamers identified by Quantitative Selection of Aptamers through Sequencing have approximately 3-8-fold higher affinity and approximately 2-4-fold higher specificity relative to those discovered through conventional cloning methods. Given that many biocombinatorial libraries are encoded with nucleic acids, we extrapolate that our method may be extended to other types of libraries for a range of molecular functions.</P>
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