KCI등재
SCOPUS
SCIE
Genomic insights of Leclercia adecarboxylata strains linked to an outbreak in public hospitals in Mexico
저자
Barrios-Villa Edwin (Universidad de Sonora, Mexico) ; Pacheco-Flores Brenda (Benemérita Universidad Autónoma de Puebla, Mexico) ; Lozano-Zaraín Patricia (Benemérita Universidad Autónoma de Puebla, Mexico) ; Del Campo-Ortega Rodolfo (Instituto Mexicano del Seguro Social, Mexico) ; de Jesús Ascencio-Montiel Ivan (Instituto Mexicano del Seguro Social, Mexico) ; González-León Margot (Instituto Mexicano del Seguro Social, Mexico) ; Camorlinga-Ponce Margarita (Instituto Mexicano del Seguro Social, Mexico) ; Gaytán Cervantes Francisco Javier (Instituto Mexicano del Seguro Social, Mexico) ; González Torres Carolina (Instituto Mexicano del Seguro Social, Mexico) ; Aguilar Emmanuel (Escuela Nacional de Ciencias Biológicas del Instituto Politécnico Nacional (ENCB-IPN), Mexico) ; González Ibarra Joaquín (Instituto Mexicano del Seguro Social, Mexico) ; Torres López Francisco Javier (Instituto Mexicano del Seguro Social, Mexico) ; Rosas-Vargas Haydeé (Instituto Mexicano del Seguro Social, Mexico) ; González-Bonilla César R. (Facultad de Medicina, UNAM, Mexico) ; del Carmen Rocha-Gracia Rosa (Benemérita Universidad Autónoma de Puebla, Mexico)
발행기관
학술지명
권호사항
발행연도
2023
작성언어
English
주제어
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KCI등재,SCOPUS,SCIE
자료형태
학술저널
발행기관 URL
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569-579(11쪽)
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제공처
Background The dry root or stem bark of Fraxinus chinensis is a famous herb Qin Pi which is known for its anti-inflammatory, analgesic, anti-tumor, liver protective and diuretic pharmacological effects, the fundamental chemical components are coumarin, phenylethanol glycosides and flavonoids. However, it is difficult to clarify the secondary metabolite synthesis pathway and key genes involved in the pathway because of lack genome information of Fraxinus chinensis.
Objective To generate a complete transcriptome of Fraxinus chinensis and to clarify the differentially expressed genes (DEGs) in leaves and stem barks.
Methods In this study, full-length transcriptome analysis and RNA-Seq were combined to characterize Fraxinus chinensis transcriptome.
Results A total of 69,145 transcripts were acquired and regarded as reference transcriptome, 67,441 transcripts (97.47%) were annotated to NCBI non-redundant protein (Nr), SwissProt, the Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) and eukaryotic orthologous groups (KOG) databases. A total of 18,917 isoforms were annotated to KEGG database and classified to 138 biological pathways. In total, 10,822 simple sequence repeat (SSRs) and 11,319 resistance (R) gene were classified to 18 types, and 3947 transcription factors (TFs) were identified in full-length transcriptome analysis. Additionally, 15,095 DEGs were detected by RNA-seq in leaves and barks, including 4696 significantly up-regulated and 10,399 significantly down-regulated genes. And 254 transcripts were annotated into phenylpropane metabolism pathway containing 86 DEGs and ten of these enzyme genes were verified by qRT-PCR.
Conclusion It laid the foundation for further exploration of the biosynthetic pathway of phenylpropanoids and related key enzyme genes.
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