KCI등재
SCOPUS
Allelic Diversity at Protein Disulfide Isomerase Like 1-1 (PDIL1-1 ) Gene is Associated with Amylose Content in Japonica Rice
저자
Cheryl Adeva (Department of Agronomy, College of Agriculture & Life Sciences, Chungnam National University, Korea) ; 강주원 (Department of Southern Area Crop Science, Rural Development Administration, Korea) ; 심규찬 (Department of Agronomy, College of Agriculture & Life Sciences, Chungnam National University, Korea) ; Ngoc Ha Luong (Department of Agronomy, College of Agriculture & Life Sciences, Chungnam National University, Korea) ; 이현숙 (Crop Breeding Division, National Institute of Crop Science, Korea) ; 이종희 (Department of Southern Area Crop Science, Rural Development Administration, Korea) ; 안상낙 (Department of Agronomy, College of Agriculture & Life Sciences, Chungnam National University, Korea)
발행기관
학술지명
Plant Breeding and Biotechnology(Plant Breeding and Biotechnology)
권호사항
발행연도
2023
작성언어
English
주제어
등재정보
KCI등재,SCOPUS
자료형태
학술저널
수록면
56-68(13쪽)
DOI식별코드
제공처
Amylose content is a key factor affecting the eating and cooking qualities of rice. In our previous study, protein disulfide isomerase like 1-1 (PDIL1-1) on chromosome 11 was a candidate gene for amylose content (AC) trait. Based on whole genome sequencing, polymorphisms were identified between Dodamssal and Hwayeong on PDIL1-1. In this study, the association of PDIL1-1 on AC was characterized. Haplotype analysis of 79 KNU accessions highlighted the presence of allelic patterns identifiable by the sequence variants between Dodamssal and Hwayeong. Identified SNPs and InDel were used to develop gene-based molecular markers for PDIL1-1. The 29 F2 plants and 160 Korean japonica cultivars were classified into two and three groups, respectively, based on the G/A SNP at position -4973180 and ATTCG/G at position -4974161. Our findings revealed that the G/A SNP at position -4973180 of PDIL1-1 plays a role in regulating the AC in japonica rice. This suggested that PDIL1-1 would be useful for fine-tuning the rice AC. To our knowledge, no studies of the allelic variation of the PDIL1-1 gene regulating AC have been reported worldwide. Furthermore, no research had reported the development of PDIL1-1 gene-based molecular markers.
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