KCI등재후보
SCIE
SCOPUS
Comparative assessment of the effective population size and linkage disequilibrium of Karan Fries cattle revealed viable population dynamics
저자
Bhardwaj Shivam (Animal Genetics and Breeding Division, ICAR- National Dairy Research Institute (NDRI), India) ; Togla Oshin (Animal Genetics and Breeding Division, ICAR- National Dairy Research Institute (NDRI), India) ; Mumtaz Shabahat (Animal Genetics and Breeding Division, ICAR- National Dairy Research Institute (NDRI), India) ; Yadav Nistha (Animal Genetics and Breeding Division, ICAR-NDRI, Karnal, Haryana-132001, India) ; Tiwari Jigyasha (Animal Genetics and Breeding Division, ICAR- National Dairy Research Institute (NDRI), India) ; Muansangi Lal (Animal Genetics and Breeding Division, ICAR- National Dairy Research Institute (NDRI), India) ; Illa Satish Kumar (Livestock Research Station, Sri Venkateswara Veterinary University, India) ; Wani Yaser Mushtaq (Animal Genetics and Breeding Division, ICAR- National Dairy Research Institute (NDRI), India) ; Mukherjee Sabyasachi (Animal Genetics and Breeding Division, ICAR-NDRI, Karnal, Haryana-132001, India) ; Mukherjee Anupama (Animal Genetics and Breeding Division, ICAR-NDRI, Karnal, Haryana-132001, India)
발행기관
학술지명
Animal Bioscience (ASIAN-AUSTRALASIAN JOURNAL OF ANIMAL SCIENCES)
권호사항
발행연도
2024
작성언어
English
주제어
등재정보
KCI등재후보,SCIE,SCOPUS
자료형태
학술저널
수록면
795-806(12쪽)
DOI식별코드
제공처
Objective: Karan Fries (KF), a high-producing composite cattle was developed through crossing indicine Tharparkar cows with taurine bulls (Holstein Friesian, Brown Swiss, and Jersey), to increase the milk yield across India. This composite cattle population must maintain sufficient genetic diversity for long-term development and breed improvement in the coming years. The level of linkage disequilibrium (LD) measures the influence of population genetic forces on the genomic structure and provides insights into the evolutionary history of populations, while the decay of LD is important in understanding the limits of genome-wide association studies for a population. Effective population size (Ne) which is genomically based on LD accumulated over the course of previous generations, is a valuable tool for e valuation of the genetic diversity and level of inbreeding. The present study was undertaken to understand KF population dynamics through the estimation of Ne and LD for the longterm sustainability of these breeds.
Methods: The present study included 96 KF samples genotyped using Illumina HDBovine array to estimate the effective population and examine the LD pattern. The genotype data were also obtained for other crossbreds (Santa Gertrudis, Brangus, and Beefmaster) and Holstein Friesian cattle for comparison purposes.
Results: The average LD between single nucleotide polymorphisms (SNPs) was r2 = 0.13 in the present study. LD decay (r2 = 0.2) was observed at 40 kb inter-marker distance, indicating a panel with 62,765 SNPs was sufficient for genomic breeding value estimation in KF cattle. The pedigree-based Ne of KF was determined to be 78, while the Ne estimates obtained using LD-based methods were 52 (SNeP) and 219 (genetic optimization for Ne estimation), respectively.
Conclusion: KF cattle have an Ne exceeding the FAO's minimum recommended level of 50, which was desirable. The study also revealed significant population dynamics of KF cattle and increased our understanding of devising suitable breeding strategies for longterm sustainable development.
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