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Paired analysis of tumor mutation burden calculated by targeted deep sequencing panel and whole exome sequencing in non-small cell lung cancer = Paired analysis of tumor mutation burden calculated by targeted deep sequencing panel and whole exome sequencing in non-small cell lung cancer
저자
( Sehhoon Park ) ; ( Chung Lee ) ; ( Bo Mi Ku ) (Sungkyunkwan University School of Medicine) ; ( Minjae Kim ) (Geninus Inc.) ; ( Woong-yang Park ) (Geninus Inc., Samsung Medical Center) ; ( Nayoung K. D. Kim ) (삼성서울병원) ; ( Myung-ju Ahn ) (Sungkyunkwan University School of Medicine)
발행기관
생화학분자생물학회(구 한국생화학분자생물학회)(Korean Society for Biochemistry and Molecular Biology)
학술지명
권호사항
발행연도
2021
작성언어
-주제어
등재정보
KCI등재후보,SCIE,SCOPUS
자료형태
학술저널
발행기관 URL
수록면
386-391(6쪽)
KCI 피인용횟수
0
제공처
Owing to rapid advancements in NGS (next generation sequencing), genomic alteration is now considered an essential predictive biomarkers that impact the treatment decision in many cases of cancer. Among the various predictive biomarkers, tumor mutation burden (TMB) was identified by NGS and was considered to be useful in predicting a clinical response in cancer cases treated by immunotherapy. In this study, we directly compared the lab-developed-test (LDT) results by target sequencing panel, K-MASTER panel v3.0 and whole-exome sequencing (WES) to evaluate the concordance of TMB. As an initial step, the reference materials (n = 3) with known TMB status were used as an exploratory test. To validate and evaluate TMB, we used one hundred samples that were acquired from surgically resected tissues of non-small cell lung cancer (NSCLC) patients. The TMB of each sample was tested by using both LDT and WES methods, which extracted the DNA from samples at the same time. In addition, we evaluated the impact of capture region, which might lead to different values of TMB; the evaluation of capture region was based on the size of NGS and target sequencing panels. In this pilot study, TMB was evaluated by LDT and WES by using duplicated reference samples; the results of TMB showed high concordance rate (R<sup>2</sup> = 0.887). This was also reflected in clinical samples (n = 100), which showed R<sup>2</sup> of 0.71. The difference between the coding sequence ratio (3.49%) and the ratio of mutations (4.8%) indicated that the LDT panel identified a relatively higher number of mutations. It was feasible to calculate TMB with LDT panel, which can be useful in clinical practice. Furthermore, a customized approach must be developed for calculating TMB, which differs according to cancer types and specific clinical settings. [BMB Reports 2021; 54(7): 386-391]
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연월일 | 이력구분 | 이력상세 | 등재구분 |
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학술지등록 | 한글명 : BMB reports외국어명 : BMB reports | ||
2024 | 평가예정 | 해외DB학술지평가 신청대상 (해외등재 학술지 평가) | |
2021-01-01 | 평가 | 등재학술지 선정 (해외등재 학술지 평가) | KCI등재 |
2020-12-01 | 평가 | 등재후보로 하락 (해외등재 학술지 평가) | KCI후보 |
2013-07-17 | 학술지명변경 | 한글명 : BMB reports -> BMB Reports외국어명 : BMB reports -> BMB Reports | KCI등재 |
2011-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | KCI등재 |
2009-09-21 | 학회명변경 | 한글명 : 대한생화학ㆍ분자생물학회 -> 생화학분자생물학회영문명 : Korean Society Of Medical Biochemistry And Molecular Biology -> Korean Society Of Biochemistry And Molecular Biology | KCI등재 |
2009-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | KCI등재 |
2007-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | KCI등재 |
2005-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | KCI등재 |
2002-01-01 | 평가 | 등재학술지 선정 (등재후보2차) | KCI등재 |
1999-07-01 | 평가 | 등재후보학술지 선정 (신규평가) | KCI후보 |
기준연도 | WOS-KCI 통합IF(2년) | KCIF(2년) | KCIF(3년) |
---|---|---|---|
2016 | 2.76 | 0.5 | 1.94 |
KCIF(4년) | KCIF(5년) | 중심성지수(3년) | 즉시성지수 |
1.45 | 1.12 | 0.646 | 0.12 |
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