KCI등재후보
SCIE
SCOPUS
Characterisation of runs of homozygosity and inbreeding coefficients in the red-brown Korean native chickens
저자
MACHARIA JOHN KARIUKI (충남대학교) ; Kim Jaewon (Division of Animal and Dairy Science, Chungnam National University, Korea) ; Kim Minjun (Chungnam National University) ; Cho Eunjin (Department of Bio-AI Convergence, Chungnam National University, Korea) ; MUNYANEZA JEAN PIERRE (충남대학교) ; 이준헌 (Division of Animal and Dairy Science, Chungnam National University, Korea)
발행기관
학술지명
Animal Bioscience (ASIAN-AUSTRALASIAN JOURNAL OF ANIMAL SCIENCES)
권호사항
발행연도
2024
작성언어
English
주제어
등재정보
KCI등재후보,SCIE,SCOPUS
자료형태
학술저널
수록면
1355-1366(12쪽)
DOI식별코드
제공처
Objective: The analysis of runs of homozygosity (ROH) has been applied to assess the level of inbreeding and identify selection signatures in various livestock species. The objectives of this study were to characterize the ROH pattern, estimate the rate of inbreeding, and identify signatures of selection in the red-brown Korean native chickens.Methods: The Illumina 60K single nucleotide polymorphism chip data of 651 chickens was used in the analysis. Runs of homozygosity were analysed using the PLINK v1.9 software. Inbreeding coefficients were estimated using the GCTA software and their correlations were examined. Genomic regions with high levels of ROH were explored to identify selection signatures.Results: A total of 32,176 ROH segments were detected in this study. The majority of the ROH segments were shorter than 4 Mb. The average ROH inbreeding coefficients (FROH) varied with the length of ROH segments. The means of inbreeding coefficients calculated from different methods were also variable. The correlations between different inbreeding coefficients were positive and highly variable (r = 0.18–1). Five ROH islands harbouring important quantitative trait loci were identified.Conclusion: This study assessed the level of inbreeding and patterns of homozygosity in Red-brown native Korean chickens. The results of this study suggest that the level of recent inbreeding is low which indicates substantial progress in the conservation of red-brown Korean native chickens. Additionally, Candidate genomic regions associated with important production traits were detected in homozygous regions.
더보기Objective: The analysis of runs of homozygosity (ROH) has been applied to assess the level of inbreeding and identify selection signatures in various livestock species. The objectives of this study were to characterize the ROH pattern, estimate the rate of inbreeding, and identify signatures of selection in the red-brown Korean native chickens.
Methods: The Illumina 60K single nucleotide polymorphism chip data of 651 chickens was used in the analysis. Runs of homozygosity were analysed using the PLINK v1.9 software. Inbreeding coefficients were estimated using the GCTA software and their correlations were examined. Genomic regions with high levels of ROH were explored to identify selection signatures.
Results: A total of 32,176 ROH segments were detected in this study. The majority of the ROH segments were shorter than 4 Mb. The average ROH inbreeding coefficients (FROH) varied with the length of ROH segments. The means of inbreeding coefficients calculated from different methods were also variable. The correlations between different inbreeding coefficients were positive and highly variable (r = 0.18–1). Five ROH islands harbouring important quantitative trait loci were identified.
Conclusion: This study assessed the level of inbreeding and patterns of homozygosity in Red-brown native Korean chickens. The results of this study suggest that the level of recent inbreeding is low which indicates substantial progress in the conservation of red-brown Korean native chickens. Additionally, Candidate genomic regions associated with important production traits were detected in homozygous regions.
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