SCOPUS
SCIE
Genome-wide identification and analysis of <i>Japonica</i> and <i>Indica</i> cultivar-preferred transcripts in rice using 983 Affymetrix array data
저자
Jung, Ki-Hong ; Gho, Hyun-Jung ; Giong, Hoi-Khoanh ; Chandran, Anil Kumar Nalini ; Nguyen, Quynh-Nga ; Choi, HeeBak ; Zhang, Tian ; Wang, Wen ; Kim, Jin-Hyun ; Choi, Hong-Kyu ; An, Gynheung
발행기관
학술지명
권호사항
발행연도
2013
작성언어
-주제어
등재정보
SCOPUS,SCIE
자료형태
학술저널
수록면
19
제공처
<P><B>Background</B></P><P>Accumulation of genome-wide transcriptome data provides new insight on a genomic scale which cannot be gained by analyses of individual data. The majority of rice (<I>O. sativa</I>) species are <I>japonica</I> and <I>indica</I> cultivars. Genome-wide identification of genes differentially expressed between <I>japonica</I> and <I>indica</I> cultivars will be very useful in understanding the domestication and evolution of rice species.</P><P><B>Results</B></P><P>In this study, we analyzed 983 of the 1866 entries in the Affymetrix array data in the public database: 595 generated from <I>indica</I> and 388 from <I>japonica</I> rice cultivars. To discover differentially expressed genes in each cultivar, we performed significance analysis of microarrays for normalized data, and identified 490 genes preferentially expressed in <I>japonica</I> and 104 genes in <I>indica</I>. Gene Ontology analyses revealed that defense response-related genes are significantly enriched in both cultivars, indicating that <I>japonica</I> and <I>indica</I> might be under strong selection pressure for these traits during domestication. In addition, 36 (34.6%) of 104 genes preferentially expressed in <I>indica</I> and 256 (52.2%) of 490 genes preferentially expressed in <I>japonica</I> were annotated as genes of unknown function. Biotic stress overview in the MapMan toolkit revealed key elements of the signaling pathway for defense response in <I>japonica</I> or <I>indica</I> eQTLs.</P><P><B>Conclusions</B></P><P>The percentage of screened genes preferentially expressed in <I>indica</I> was 4-fold higher (34.6%) and that in <I>japonica</I> was 5-fold (52.2%) higher than expected (11.1%), suggesting that genes of unknown function are responsible for the novel traits that distinguish <I>japonica</I> and <I>indica</I> cultivars. The identification of 10 functionally characterized genes expressed preferentially in either <I>japonica</I> or <I>indica</I> highlights the significance of our candidate genes during the domestication of rice species. Functional analysis of the roles of individual components of stress-mediated signaling pathways will shed light on potential molecular mechanisms to improve disease resistance in rice.</P><P><B>Electronic supplementary material</B></P><P>The online version of this article (doi:10.1186/1939-8433-6-19) contains supplementary material, which is available to authorized users.</P>
더보기서지정보 내보내기(Export)
닫기소장기관 정보
닫기권호소장정보
닫기오류접수
닫기오류 접수 확인
닫기음성서비스 신청
닫기음성서비스 신청 확인
닫기이용약관
닫기학술연구정보서비스 이용약관 (2017년 1월 1일 ~ 현재 적용)
학술연구정보서비스(이하 RISS)는 정보주체의 자유와 권리 보호를 위해 「개인정보 보호법」 및 관계 법령이 정한 바를 준수하여, 적법하게 개인정보를 처리하고 안전하게 관리하고 있습니다. 이에 「개인정보 보호법」 제30조에 따라 정보주체에게 개인정보 처리에 관한 절차 및 기준을 안내하고, 이와 관련한 고충을 신속하고 원활하게 처리할 수 있도록 하기 위하여 다음과 같이 개인정보 처리방침을 수립·공개합니다.
주요 개인정보 처리 표시(라벨링)
목 차
3년
또는 회원탈퇴시까지5년
(「전자상거래 등에서의 소비자보호에 관한3년
(「전자상거래 등에서의 소비자보호에 관한2년
이상(개인정보보호위원회 : 개인정보의 안전성 확보조치 기준)개인정보파일의 명칭 | 운영근거 / 처리목적 | 개인정보파일에 기록되는 개인정보의 항목 | 보유기간 | |
---|---|---|---|---|
학술연구정보서비스 이용자 가입정보 파일 | 한국교육학술정보원법 | 필수 | ID, 비밀번호, 성명, 생년월일, 신분(직업구분), 이메일, 소속분야, 웹진메일 수신동의 여부 | 3년 또는 탈퇴시 |
선택 | 소속기관명, 소속도서관명, 학과/부서명, 학번/직원번호, 휴대전화, 주소 |
구분 | 담당자 | 연락처 |
---|---|---|
KERIS 개인정보 보호책임자 | 정보보호본부 김태우 | - 이메일 : lsy@keris.or.kr - 전화번호 : 053-714-0439 - 팩스번호 : 053-714-0195 |
KERIS 개인정보 보호담당자 | 개인정보보호부 이상엽 | |
RISS 개인정보 보호책임자 | 대학학술본부 장금연 | - 이메일 : giltizen@keris.or.kr - 전화번호 : 053-714-0149 - 팩스번호 : 053-714-0194 |
RISS 개인정보 보호담당자 | 학술진흥부 길원진 |
자동로그아웃 안내
닫기인증오류 안내
닫기귀하께서는 휴면계정 전환 후 1년동안 회원정보 수집 및 이용에 대한
재동의를 하지 않으신 관계로 개인정보가 삭제되었습니다.
(참조 : RISS 이용약관 및 개인정보처리방침)
신규회원으로 가입하여 이용 부탁 드리며, 추가 문의는 고객센터로 연락 바랍니다.
- 기존 아이디 재사용 불가
휴면계정 안내
RISS는 [표준개인정보 보호지침]에 따라 2년을 주기로 개인정보 수집·이용에 관하여 (재)동의를 받고 있으며, (재)동의를 하지 않을 경우, 휴면계정으로 전환됩니다.
(※ 휴면계정은 원문이용 및 복사/대출 서비스를 이용할 수 없습니다.)
휴면계정으로 전환된 후 1년간 회원정보 수집·이용에 대한 재동의를 하지 않을 경우, RISS에서 자동탈퇴 및 개인정보가 삭제처리 됩니다.
고객센터 1599-3122
ARS번호+1번(회원가입 및 정보수정)