KCI우수등재
A modified partial least squares regression for the analysis of gene expression data with survival information
저자
발행기관
학술지명
한국데이터정보과학회지(Journal of the Korean data & information science society)
권호사항
발행연도
2014
작성언어
English
주제어
등재정보
KCI우수등재
자료형태
학술저널
발행기관 URL
수록면
1151-1160(10쪽)
제공처
In DNA microarray studies, the number of genes far exceeds the number of samples and the gene expression measures are highly correlated. Partial least squares regression (PLSR) is one of the popular methods for dimensional reduction and known to be useful for the classifications of microarray data by several studies. In this study, we suggest a modified version of the partial least squares regression to analyze gene expression data with survival information. The method is designed as a new gene selection method using PLSR with an iterative procedure of imputing censored survival time. Mean square error of prediction criterion is used to determine the dimension of the model. To visualize the data, plot for variables superimposed with samples are used. The method is applied to two microarray data sets, both containing survival time. The results show that the proposed method works well for interpreting gene expression microarray data.
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