SCOPUS
SCIE
Quantitative Trait Loci Mapping in <i>Brassica rapa</i> Revealed the Structural and Functional Conservation of Genetic Loci Governing Morphological and Yield Component Traits in the A, B, and C Subgenomes of <i>Brassica</i> Species
저자
Li, Xiaonan ; Ramchiary, Nirala ; Dhandapani, Vignesh ; Choi, Su Ryun ; Hur, Yoonkang ; Nou, Ill-Sup ; Yoon, Moo Kyoung ; Lim, Yong Pyo
발행기관
학술지명
DNA research(an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes)
권호사항
발행연도
2013
작성언어
-주제어
등재정보
SCOPUS,SCIE
자료형태
학술저널
수록면
1-16(16쪽)
제공처
<P><I>Brassica rapa</I> is an important crop species that produces vegetables, oilseed, and fodder. Although many studies reported quantitative trait loci (QTL) mapping, the genes governing most of its economically important traits are still unknown. In this study, we report QTL mapping for morphological and yield component traits in <I>B. rapa</I> and comparative map alignment between <I>B. rapa</I>, <I>B. napus</I>, <I>B. juncea</I>, and <I>Arabidopsis thaliana</I> to identify candidate genes and conserved QTL blocks between them. A total of 95 QTL were identified in different crucifer blocks of the <I>B. rapa</I> genome. Through synteny analysis with <I>A. thaliana</I>, <I>B. rapa</I> candidate genes and intronic and exonic single nucleotide polymorphisms in the parental lines were detected from whole genome resequenced data, a few of which were validated by mapping them to the QTL regions. Semi-quantitative reverse transcriptase PCR analysis showed differences in the expression levels of a few genes in parental lines. Comparative mapping identified five key major evolutionarily conserved crucifer blocks (R, J, F, E, and W) harbouring QTL for morphological and yield components traits between the A, B, and C subgenomes of <I>B. rapa</I>, <I>B. juncea</I>, and <I>B. napus</I>. The information of the identified candidate genes could be used for breeding <I>B. rapa</I> and other related <I>Brassica</I> species.</P>
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