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FGMD : Database of Fungal Genetic Markers and Multigene Analysis in Fungal Classification
저자
Jin-hwa Jang ; Se-eun Bae ; Sung-hoon Jung ; Ha-yeon Kim ; In-sung Ahn ; Hyeon-seok Son 연구자관계분석
발행기관
학술지명
권호사항
발행연도
2014
작성언어
English
주제어
KDC
517
등재정보
KCI등재후보
자료형태
학술저널
수록면
81-89(9쪽)
제공처
소장기관
FGMD (fungal genetic marker database, http://lcbb.snu.ac.kr/fgmd), which contains genetic markers for publicly reported fungal species. The 17 genetic markers used in this study can be used either singly or in combination for the phylogenetic classification of fungi. This database can provide diverse combinations of genetic markers and differs from other databases because it allows for broad systematic analyses based on all species for which sequences are publicly available. We also compared classifications made using single genetic markers to those made using a multigene approach to identify the best combination of markers based on the FGMD for the phylogenetic classification of fungal species. A phylogenetic analysis was performed using 71 species representing four fungal phyla using combinations of three marker genes. Multigene analysis was used for the classification of each species from the species to phylum levels, and error rates for each combination of markers were calculated. Multigene analyses had lower error rates than single-gene analyses. Group prediction by discriminant analysis using multigene markers, which used combinations of Rpb2, Atpase6, and β-Tubulin genes as variables, displayed high accuracy (92%). A multigene approach, such as the one described here, may be applicable as a unified genetic marker for the phylogenetic classification of diverse fungal species.
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