KCI등재
SCOPUS
SCIE
Comparative characterization of 3D chromatin organization in triple-negative breast cancers
저자
Kim Taemook (Korea Advanced Institute of Science and Technology) ; Han Sungwook (Korea Advanced Institute of Science and Technology) ; Chun Yujin (Korea Advanced Institute of Science and Technology) ; Yang Hyeokjun (Korea Advanced Institute of Science and Technology) ; Min Hyesung (Korea Advanced Institute of Science and Technology) ; Jeon Sook Young (Kangnam Sacred Heart Hospital) ; Kim Jang-il (Seoul National University College of Medicine) ; Moon Hyeong-Gon (Seoul National University College of Medicine) ; Lee Daeyoup (Korea Advanced Institute of Science and Technology) 연구자관계분석
발행기관
학술지명
Experimental and molecular medicine(Experimental and Molecular Medicine)
권호사항
발행연도
2022
작성언어
English
등재정보
KCI등재,SCOPUS,SCIE
자료형태
학술저널
수록면
1-16(16쪽)
KCI 피인용횟수
0
제공처
Triple-negative breast cancer (TNBC) is a malignant cancer subtype with a high risk of recurrence and an aggressive phenotype compared to other breast cancer subtypes. Although many breast cancer studies conducted to date have investigated genetic variations and differential target gene expression, how 3D chromatin architectures are reorganized in TNBC has been poorly elucidated. Here, using in situ Hi-C technology, we characterized the 3D chromatin organization in cells representing five distinct subtypes of breast cancer (including TNBC) compared to that in normal cells. We found that the global and local 3D architectures were severely disrupted in breast cancer. TNBC cell lines (especially BT549 cells) showed the most dramatic changes relative to normal cells. Importantly, we detected CTCF-dependent TNBC-susceptible losses/gains of 3D chromatin organization and found that these changes were strongly associated with perturbed chromatin accessibility and transcriptional dysregulation. In TNBC tissue, 3D chromatin disorganization was also observed relative to the 3D chromatin organization in normal tissues. We observed that the perturbed local 3D architectures found in TNBC cells were partially conserved in TNBC tissues. Finally, we discovered distinct tissue-specific chromatin loops by comparing normal and TNBC tissues. In this study, we elucidated the characteristics of the 3D chromatin organization in breast cancer relative to normal cells/tissues at multiple scales and identified associations between disrupted structures and various epigenetic features and transcriptomes. Collectively, our findings reveal important 3D chromatin structural features for future diagnostic and therapeutic studies of TNBC.
더보기분석정보
연월일 | 이력구분 | 이력상세 | 등재구분 |
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2023 | 평가예정 | 해외DB학술지평가 신청대상 (해외등재 학술지 평가) | |
2020-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (해외등재 학술지 평가) | KCI등재 |
2009-09-21 | 학회명변경 | 한글명 : 대한생화학ㆍ분자생물학회 -> 생화학분자생물학회영문명 : Korean Society Of Medical Biochemistry And Molecular Biology -> Korean Society Of Biochemistry And Molecular Biology | KCI등재 |
2008-01-01 | 평가 | SCI 등재 (등재유지) | KCI등재 |
2006-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | KCI등재 |
2004-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | KCI등재 |
2001-01-01 | 평가 | 등재학술지 선정 (등재후보2차) | KCI등재 |
1998-07-01 | 평가 | 등재후보학술지 선정 (신규평가) | KCI후보 |
기준연도 | WOS-KCI 통합IF(2년) | KCIF(2년) | KCIF(3년) |
---|---|---|---|
2016 | 3.74 | 0.23 | 2.56 |
KCIF(4년) | KCIF(5년) | 중심성지수(3년) | 즉시성지수 |
1.82 | 1.45 | 0.555 | 0.01 |
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