QFolder : RNA 분자 구조 형성 과정을 모의실험하기 위한 통합 시스템 = QFolder : An Integrated Modeling System for Simulating RNA Folding
저자
발행기관
학술지명
권호사항
발행연도
1998
작성언어
Korean
KDC
004
자료형태
학술저널
발행기관 URL
수록면
1389-1398(10쪽)
제공처
RNA 분자의 구조 형성을 완전히 이해하려면, 최종적으로 형성된 구조뿐 아니라 그 구조가 형성되는 과정 자체도 규명되어야 한다. 본 논문은 RNA의 이차 구조 형성 과정을 시뮬레이트하고, 이차 구조를 예측하며, 예측된 구조를 시각화하는 모델링 시스템인 QFolder를 소개한다. QFolder의 시뮬레이션 과정은 두 단계의 신뢰도에 의하여 제어되는데, 이 신뢰도는 동류성 염기 서열의 분석과 단순화된 열역학 및 동역학적 지식을 바탕으로 결정된다. 구조 형성 과정 중에 생성되는 구조들은 그래픽 형태로 보여지고 이 구조들을 편집하거나 보는 다양한 기능도 제공된다. 여러 RNA 분자에 QFolder를 실험한 결과에 의하면, QFolter가 구조 형성 과정 자체를 연구하는데 뿐 아니라 안정적인 이차 구조를 예측하는 데에도 유용한 도구가 될 수 있다는 것을 알 수 있다.
더보기Complete understanding of RNA folding requires the determination of both the final structure and the structure formation process. The paper presents a modeling system called QFolder for simulating the secondary structure formation process of RNA molecules, for predicting reliable structures, and for visualizing the predicted structures in a unified framework. The simulation process of QFolder is guided by two levels of certainty factors which are determined by the comparative analysis of homologous sequences, incorporated with simplified knowledge of thermodynamics and kinetics of folding. Intermediate and final structures generated during the simulation process are displayed in graphical form within a friendly interface, which provides various visualization and editing facilities for secondary structures. Experimental results demonstrate the potential of QFolder as a useful tool for predicting reliable secondary structures as well as for the study of the RNA folding process itself.
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