KCI등재
SCOPUS
SCIE
Comparative genomic and functional analysis of Akkermansia muciniphila and closely related species
저자
Juyuan Xing (Wuhan University of Technology) ; Xiaobo Li (University of Chinese Academy of Sciences) ; Yingjiao Sun (Chinese Academy of Agricultural Sciences) ; Juanjuan Zhao (Chinese Academy of Agricultural Sciences) ; Shaohua Miao (Chinese Academy of Agricultural Sciences) ; Qin Xiong (Chinese Academy of Agricultural Sciences) ; Yonggang Zhang (Qilu University of Technology) ; Guishan Zhang (Chinese Academy of Agricultural Sciences)
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2019
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English
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KCI등재,SCOPUS,SCIE
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학술저널
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1253-1264(12쪽)
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0
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Background Akkermansia muciniphila is an important bacterium that resides on the mucus layer of the intestinal tract.
Akkermansia muciniphila has a high abundance in human feces and plays an important role in human health.
Objective In this article, 23 whole genome sequences of the Akkermansia genus were comparatively studied.
Methods Phylogenetic trees were constructed with three methods: All amino acid sequences of each strain were used to construct the first phylogenetic tree using the web server of Composition Vector Tree Version 3. The matrix of Genome-to- Genome Distances which were obtained from GGDC 2.0 was used to construct the second phylogenetic tree using FastME.
The concatenated single-copy core gene-based phylogenetic tree was generated through MEGA. The single-copy genes were obtained using OrthoMCL. Population structure was assessed by STRU CTU RE 2.3.4 using the SNPs in core genes.
PROKKA and Roary were used to do pan-genome analyses. The biosynthetic gene clusters were predicted using antiSMASH 4.0. IalandViewer 4 was used to detect the genomic islands.
Results The results of comparative genomic analysis revealed that: (1) The 23 Akkermansia strains formed 4 clades in phylogenetic trees. The A. muciniphila strains isolated from different geographic regions and ecological niches, formed a closely related clade. (2) The 23 Akkermansia strains were divided into 4 species based on digital DNA-DNA hybridization (dDDH) values. (3) Pan-genome of A. muciniphila is in an open state and increases with addition of new sequenced genomes. (4) SNPs were not evenly distributed throughout the A. muciniphila genomes. The genes in regions with high SNP density are related to metabolism and cell wall/membrane envelope biogenesis. (5) The thermostable outer-membrane protein, Amuc_1100, was conserved in the Akkermansia genus, except for Akkermansia glycaniphila PytT.
Conclusion Overall, applying comparative genomic and pan-genomic analyses, we classified and illuminated the phylogenetic relationship of the 23 Akkermansia strains. Insights of the evolutionary, population structure, gene clusters and genome islands of Akkermansia provided more information about the possible physiological and probiotic mechanisms of the Akkermansia strains, and gave some instructions for the in-depth researches about the use of Akkermansia as a gut probiotic in the future.
분석정보
연월일 | 이력구분 | 이력상세 | 등재구분 |
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2023 | 평가예정 | 해외DB학술지평가 신청대상 (해외등재 학술지 평가) | |
2020-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (해외등재 학술지 평가) | KCI등재 |
2015-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | KCI등재 |
2012-05-07 | 학술지명변경 | 한글명 : 한국유전학회지 -> Genes & Genomics | KCI등재 |
2011-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | KCI등재 |
2009-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | KCI등재 |
2008-04-14 | 학술지명변경 | 외국어명 : Korean Journal of Genetics -> Genes and Genomics | KCI등재 |
2007-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | KCI등재 |
2004-01-01 | 평가 | 등재학술지 선정 (등재후보2차) | KCI등재 |
2003-01-01 | 평가 | 등재후보 1차 PASS (등재후보1차) | KCI후보 |
2002-01-01 | 평가 | 등재후보학술지 유지 (등재후보1차) | KCI후보 |
1999-07-01 | 평가 | 등재후보학술지 선정 (신규평가) | KCI후보 |
기준연도 | WOS-KCI 통합IF(2년) | KCIF(2년) | KCIF(3년) |
---|---|---|---|
2016 | 0.51 | 0.12 | 0.38 |
KCIF(4년) | KCIF(5년) | 중심성지수(3년) | 즉시성지수 |
0.32 | 0.27 | 0.258 | 0.02 |
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