Consensus tRNA primer들에 의해 증폭된 Candida albicans genomic 절편들의 염기서열 결정 및 상동성 비교에 관한 연구 = Identification of Candida albicans Genomic Fragments Amplified by PCR with Consensus tRNA Primers

국문 초록 (Abstract)

Arbitrary primed PCR(AP-PCR)은 PCR products의 pattern을 기준으로 종간의 유연관계를 분석하거나 진단실험등에 유용하게 사용된다. 특히 이 방법은 연구 대상 개체의 분자 유전학적 정보가 없는 경우에 적용할 수 있는 장점을 가지고 있다. AP-PCR의 성공적 수행을 위해서는 실험에 적합한 primer의 선정이 매우 중요하며 이를 위해 여러 가지 primer가 고안되고 있다. 최근에는 tRNA 발현 유전자가 고안되어 Staphylococcus의 여러 strain에 대하여 그 유용성을 검증한바 있다.
본 연구에서는 이들 primer를 사용하여 C. albicans genomic DNA에 대하여 AP-PCR을 수행하므로서 이들 primer가 specific PCR product를 생성하는지 알아보고 또 얻어진 product들이 어떠한 유전자 부위인지를 검증하고자 하였다. C.albicans genomic DNA에 대해 consensus tRNA primer를 이용하여 PCR을 수행하였을 때 287에서 1700 bp까지에 이르는 크기의 DNA fragment들이 증폭되었으며 이들을 각각 cloning하여 염기서열을 결정하였다. 얻어진 각 절편들은 양끝에 사용한 PCR primer sequences를 가지고 있었으나 그 외의 부분에서는 tRNA 유전자의 존재를 확인할 수 없었다. Consensus tRNA primer들은 C. albicans의 genomic DNA로부터 특정 부위의 유전자를 증폭하지만 이들이 반드시 tRNA 관련유전자들과 특이성을 갖는 것으로는 보이지 않았다. 따라서 이들 tRNA primer를 tRNA 유전자의 탐색용 primer로 사용하는 것에는 주의가 필요하다고 사료된다.

다국어 초록 (Multilingual Abstract)

Arbitrary primed polymerase chain reaction(AP-PCR) is used as on of the methods used to determine the relationships among different species by the pattern of PCR products. This method is particularly useful in the case that the molecular genetic information of the organism is not available. The successful result of the AP-PCR depends on the selection of an appropriate primers for the experiments. The primers that are supposed to generally bind to tRNA genes with some specificity were designed based on the known tRNA genes and used for AP-PCR of various Staphylococcus strain. In this work, we carried out the AP-PCR with these consensus tRNA primers against the genomic fragments of C albicans. The experiments aimed to test if these primers produced any specific PCR products from the genomic DNA of C. albicans and to identify the amplified genomic fragments by determining DNA sequence and searching the homologous in the genetic database. The PCR reaction with the three consensus tRNA primers amplified specific genomic fragments from 287 to 1700 base pairs from C albicuns. The amplified products were cloned and the DNA sequences were completely or partially determined depending on the size of the obtained the tRNA primer sequences at both ends, they did not show any indication for tRNA genes beyond the tRNA primer sequences. The results of this work suggested that the consensus tRNA genes, although they generated specific products from the genomic DNA of C albicans. Therefore, the consensus tRNA primers has to be used as a AP-PCR primers with caution.