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Vibrio 임상 분리주의 균종 동정을 위한 dnaJ 및 16S rDNA의 서열 분석법 비교 = Comparison of the Utility of dnaJ and 16S rDNA Sequences for Identification of Clinical Isolates of Vibrio Species
저자
최인선 (조선대학교) ; 문대수 (조선대학교) ; 박건 (조선대학교) ; 강성호 (조선대학교) ; 김춘미 (조선대학교) ; 안영준 (조선대학교 의과대학 의학교육학교실) ; 김동민 (조선대학교 의과대학 내과학교실) ; 윤나라 (조선대학교) ; 임동훈 (조선대학교) ; 신성희 (조선대학교) ; 국중기 (조선대학교) ; 장영효 (한국생명공학연구원 ABS 연구지원센터) ; 장숙진 (조선대학교) 연구자관계분석
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2018
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Korean
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KCI등재
자료형태
학술저널
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7-15(9쪽)
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배경: Vibrio 종에는 치명적인 패혈증을 일으키는 균종들도 포함되어 있어서 정확한 균종 동정이 매우 중요하다. 일부 비전형적인표현형을 보이는 균종이 있어 정확한 동정을 위해 적절한 분자 진단법의 도입이 필요하다.
방법: 본 연구에서는 Vibrio 임상 분리주 53주와 표준균주 8주가이용되었다. 분자 진단법으로는 dnaJ 유전자 서열 분석, 16S rDNA 서열 분석, gyrB V. vulnificus–특이적 PCR 서열 분석, gyrB V. navarrensis– 특이적 PCR 서열 분석, V. vulnificus hemolysin 유전자(vvh) PCR (V. vulnificus-특이적 PCR)를 시행하였다. 또한 16S rDNA 와 dnaJ 유전자, gyrB 유전자의 서열분석 결과를 토대로 계통수분석을 실시하였으며 상기 검사 결과를 종합하여 균의 최종 동정명이 결정되었다. 16S rDNA 서열 분석과 dnaJ 유전자 서열 분석 간의 일치율 분석은 카이 제곱 검정을 이용하였다.
결과: 61주의 Vibrio 균주의 최종 균종명 분포를 내림차순으로 배열하면 다음과 같다: V. vulnificus (78.69%), V. parahaemolyticus (6.56%), V. navarrensis (4.92%), V. mimicus (1.64%), V. cholera (1.64%), V. furnissii (1.64%), V. alginolyticus (1.64%), Grimontia hollisae (1.64%). dnaJ 유전자 서열 분석의 정확도는 91.80%였고16S rDNA 서열 분석의 정확도는 86.89%였다. dnaJ 유전자 서열 분석법과 16S rDNA 서열 분석법 간의 일치도는 0.45로서, 중등도의일치도였다.
결론: 본 연구는 dnaJ 유전자 서열 분석법이 서로 밀접히 관련된Vibrio 종 간의 정확한 균 종정에 유용한 방법이라는 것을 보여주었다.
Background: Among the many Vibrio species that can cause infections in humans, several species can cause a fatal outcome. Therefore, accurate identification of Vibrio species is very important. Since some species show atypical phenotypic features, selecting an appropriate molecular method is necessary to avoid misdiagnosis.
Methods: Vibrio clinical isolates (N=53) and reference strains (N=8) were used in this study. We analyzed the following sequences for identification: dnaJ gene, 16S rDNA, gyrase B (gyrB) V. vulnificus–specific sequence, gyrB V. navarrensis–specific sequence, and V. vulnificus hemolysin gene PCR (Vvh PCR). We performed phylogenetic analysis of the 16S rDNA, dnaJ, and gyrB sequences. Final identification was based on the combined results of all tests described above. Concordance of the 16S rDNA and dnaJ sequence analysis was measured using the Chi-square test.
Results: The 61 Vibrio strains were identified as follows, in descending order: V. vulnificus (78.69%), V. parahaemolyticus (6.56%), V. navarrensis (4.92%), V. mimicus (1.64%), V. cholera (1.64%), V. furnissii (1.64%), V. alginolyticus (1.64%), and Grimontia hollisae (1.64%). The accuracy rates of the dnaJ gene and 16S rDNA sequence for identification were 91.80% and 86.89%, respectively. The 16S rDNA and dnaJ sequences showed a concordance rate of 0.45, which indicates moderate agreement.
Conclusions: Our results suggest that analysis of the dnaJ sequence may be a useful method for the identification of clinical isolates of Vibrio species, especially for distinguishing between closely related Vibrio species.
분석정보
연월일 | 이력구분 | 이력상세 | 등재구분 |
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2027 | 평가예정 | 재인증평가 신청대상 (재인증) | |
2021-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (재인증) | KCI등재 |
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2015-01-01 | 평가 | 등재학술지 선정 (계속평가) | KCI등재 |
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2011-01-01 | 평가 | 학술지 분리 (기타) | KCI후보 |
기준연도 | WOS-KCI 통합IF(2년) | KCIF(2년) | KCIF(3년) |
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2016 | 0.16 | 0.16 | 0.11 |
KCIF(4년) | KCIF(5년) | 중심성지수(3년) | 즉시성지수 |
0.09 | 0.09 | 0.306 | 0.05 |
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