KCI등재
SCIE
SCOPUS
당근 종모 형질 관련 EST profiling과 이를 이용한 EST-SSR 및 SNP 마커 개발 = EST Profiling for Seed-hair Characteristic and Development of EST-SSR and SNP Markers in Carrot
저자
오규동(Gyu-Dong Oh) ; 황은미(Eun-Mi Hwang) ; 심은조(Eun-Jo Shim) ; 전상진(Sang-Jin Jeon) ; 박영두(Young-Doo Park)
발행기관
학술지명
원예과학기술지(Korean journal of horticultural science & technology)
권호사항
발행연도
2010
작성언어
Korean
주제어
KDC
525
등재정보
KCI등재,SCIE,SCOPUS
자료형태
학술저널
발행기관 URL
수록면
1025-1038(14쪽)
KCI 피인용횟수
7
제공처
소장기관
당근(Daucus carota L. var. sativa)은 세계적으로 널리 이용되는 작물 중 하나이다. 또한 Vitamin A의 전구체인 β-carotene의 함량이 높아 영양적으로도 주요한 작물이다. 하지만 종자 표피세포에서 생성되는 종자모는 종자발아시 흡수를 저해하며 발아를 억제하여 기계적인 제모작업을 거쳐 상품화되고 있다. 이러한 과정에서 발생하는 여러가지 단점을 보완하기 위해 무모종자 당근 품종의 육종이 필요하다. 따라서 본 연구는 단모종자 표현형 CT-ATR615 OP 666-13 개체와 control 유모종자 표현형 CR-ATR615 OP-CK1-9개체의 종자 cDNA library를 작성하여 EST sequence비교를 통해 표현형의 차이에 따라 종자모 형성에 관련하여 발현양상을 비교 분석하였다. BlastX 결과를 바탕으로 개체간 동일한 결과를 제외한 EST sequence를 각각 FunCat 기능별 category로 분류하였다. Metabolism category에서 단모종자표현형 개체가 오히려 유모종자 표현형 개체보다 높은 발현량을 보이는 것을 확인하였으며, 단모 및 장모종자 개체간의 protein folding and stabilization, subcellular localization category에서 나타난 뚜렷한 발현량 차이는 종자모 형성에 많은 영향을 미치는 것으로 예측되었다. 또한 분석된 EST sequece를 바탕으로 개체별로 각각 50개 및 59개의 SSR site를 확인하였으며, 각각 2개씩의 SNP site를 확인하였다. 이들 SSR 및 SNP site의 primer 작성하여 마커로 개발하였으며, 이를 종자모 형성에 관련된 분자마커 개발에 이용하는 것은 물론 당근의 계통 분류 및 여러가지 형질 관련 분자마커 연구에 활용 가능할 것으로 기대된다.
더보기Carrot (Daucus carota L. var. sativa) is one of the most widely used crops in the world. Moreover it is an important crop because of its high content of β-carotene, well-known as the precursor of vitamin A carotenoid. However, seed-hair which is generated in epidermal cell of seeds inhibits absorption and germination. For that reason, carrot seeds are commercialized after mechanical hair removal process. To overcome such cumbersome weaknesses, new breeding program for developing hairless-seed carrot cultivar has been needed. Therefore, in this study, cDNA libraries from seeds of short-hair seed phenotype CT-ATR615 OP 666-13line and hairy seed CT-ATR615 OP-CK1-9 line were constructed and expression patterns related to generation of seed-hair were analyzed by comparison of EST sequences. Differential EST sequence results between two lines were classified into FunCat functional categories based on the results of BlastX search. Higher expression quantities belonging to metabolic category were shown on short-hair seed line than hairy-seed one. Differential expression quantities between those two lines in the protein folding and stabilization, subcellular localization categories were supposed to contribute variously on the generation of seed-hair. We confirmed 50 and 59 SSR sites, and 2 SNP sites by analyzing EST sequences in two lines; thereafter, we designed SNP and SSR primer sets from these EST sequence information as a molecular marker. These markers are thought to be used in research of molecular markers for classification of carrot family and related to various traits, as well as seed-hair characteristic.
더보기분석정보
연월일 | 이력구분 | 이력상세 | 등재구분 |
---|---|---|---|
2023 | 평가예정 | 해외DB학술지평가 신청대상 (해외등재 학술지 평가) | |
2020-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (해외등재 학술지 평가) | KCI등재 |
2017-02-08 | 학술지명변경 | 외국어명 : Korean Journal of Horticultural Science & Technology -> Horticultural Science & Technology | KCI등재 |
2011-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | KCI등재 |
2009-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | KCI등재 |
2007-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | KCI등재 |
2004-01-01 | 평가 | 등재후보학술지 선정 (신규평가) | KCI후보 |
2003-01-01 | 평가 | 등재후보 1차 PASS (등재후보1차) | KCI후보 |
2002-07-01 | 평가 | 등재후보학술지 선정 (신규평가) | KCI후보 |
기준연도 | WOS-KCI 통합IF(2년) | KCIF(2년) | KCIF(3년) |
---|---|---|---|
2016 | 0.92 | 0.74 | 0.83 |
KCIF(4년) | KCIF(5년) | 중심성지수(3년) | 즉시성지수 |
0.77 | 0.73 | 1.115 | 0.19 |
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