SCOPUS
SCIE
Genome analysis of <i>Hibiscus syriacus</i> provides insights of polyploidization and indeterminate flowering in woody plants
저자
Kim, Yong-Min ; Kim, Seungill ; Koo, Namjin ; Shin, Ah-Young ; Yeom, Seon-In ; Seo, Eunyoung ; Park, Seong-Jin ; Kang, Won-Hee ; Kim, Myung-Shin ; Park, Jieun ; Jang, Insu ; Kim, Pan-Gyu ; Byeon, Iksu ; Kim, Min-Seo ; Choi, JinHyuk ; Ko, Gunhwan ; Hwang, JiHye ; Yang, Tae-Jin ; Choi, Sang-Bong ; Lee, Je Min ; Lim, Ki-Byung ; Lee, Jungho ; Choi, Ik-Young ; Park, Beom-Seok ; Kwon, Suk-Yoon ; Choi, Doil ; Kim, Ryan W.
발행기관
학술지명
DNA research(an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes)
권호사항
발행연도
2017
작성언어
-주제어
등재정보
SCOPUS,SCIE
자료형태
학술저널
수록면
71-80(10쪽)
제공처
<P><B>Abstract</B></P><P><I>Hibiscus syriacus</I> (L.) (rose of Sharon) is one of the most widespread garden shrubs in the world. We report a draft of the <I>H. syriacus</I> genome comprised of a 1.75 Gb assembly that covers 92% of the genome with only 1.7% (33 Mb) gap sequences. Predicted gene modeling detected 87,603 genes, mostly supported by deep RNA sequencing data. To define gene family distribution among relatives of <I>H. syriacus</I>, orthologous gene sets containing 164,660 genes in 21,472 clusters were identified by OrthoMCL analysis of five plant species, including <I>H. syriacus</I>, <I>Arabidopsis thaliana, Gossypium raimondii, Theobroma cacao</I> and <I>Amborella trichopoda.</I> We inferred their evolutionary relationships based on divergence times among Malvaceae plant genes and found that gene families involved in flowering regulation and disease resistance were more highly divergent and expanded in <I>H. syriacus</I> than in its close relatives, <I>G. raimondii</I> (DD) and <I>T. cacao</I>. Clustered gene families and gene collinearity analysis revealed that two recent rounds of whole-genome duplication were followed by diploidization of the <I>H. syriacus</I> genome after speciation. Copy number variation and phylogenetic divergence indicates that WGDs and subsequent diploidization led to unequal duplication and deletion of flowering-related genes in <I>H. syriacus</I> and may affect its unique floral morphology.</P>
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