SCOPUS
SCIE
Expression phenotype changes of EBV-transformed lymphoblastoid cell lines during long-term subculture and its clinical significance
저자
Lee, J.-E. ; Nam, H.-Y. ; Shim, S.-M. ; Bae, G.-R. ; Han, B.-G. ; Jeon, J.-P.
발행기관
학술지명
권호사항
발행연도
2010
작성언어
-등재정보
SCOPUS,SCIE
자료형태
학술저널
수록면
378-384(7쪽)
제공처
<P>Abstract</P><P>Objectives: </P><P>The EBV-transformed lymphoblastoid cell line (LCL) is a useful resource for population-based human genetic and pharmacogenetic studies. The principal objective here was to assess expression phenotype changes during long-term subculture of LCLs, and its clinical significance.</P><P>Materials and methods: </P><P>We searched for genes that were differentially expressed in 17 LCLs at late (p161) passage compared to early passage (p4) using microarray assay, then validated them by real-time RT-PCR analysis. In addition, we estimated correlations between expression phenotypes of 20 LCL strains at early passage and 23 quantitative clinical traits from blood donors of particular LCL strains.</P><P>Results: </P><P>Transcript sequences of 16 genes including nuclear factor-&kgr;B (NF-&kgr;B) pathway-related genes (such as <I>PTPN13</I>, <I>HERC5</I> and miR-146a) and carcinogenesis-related genes (such as <I>XAF1</I>, <I>TCL1A</I>, <I>PTPN13</I>, <I>CD38</I> and miR-146a) were differentially expressed (>2-fold change) in at least 15 of the 17 LCL strains. In particular, <I>TC2N</I>, <I>FCRL5</I>, <I>CD180</I>, <I>CD38</I> and miR-146a were downregulated in all 17 of the evaluated LCL strains. In addition, we identified clinical trait-associated expression phenotypes in LCLs.</P><P>Conclusion: </P><P>Our results showed that LCLs acquired expression phenotype changes involving expression of NF-&kgr;B pathway- and carcinogenesis-related genes during long-term subculture. These differentially expressed genes can be considered to be a gene signature of LCL immortalization or EBV-induced carcinogenesis. Clinical trait-associated expression phenotypes should prove useful in the discovery of new candidate genes for particular traits.</P>
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