신품종에 대한 육종가의 권리보호용 고추 RAPD 마커를 개발하기 위한 기초연구로 PCR에 영향을 주는 요인들에 대한 최적화가 이루어졌으며 주요 결과를 요약하면 다음가 같다.
1. MgCl₂ 농도는 DNA증폭에 직접적인 영향을 주었으며 본 실험의 결과는 고추 PCR에 요구되는 MgCl₂의 최소농도는 3mM임을 보였다.
2. 공시된 2고추 조합간데 차이는 있었지만 Taq DNA polymerase는 1.5U이상의 조건일 때 DNA증폭에 효과적임이 관측되었다.
3. 본 실험에 사용된 template DNA양 중 최소인 10ng의 수준으로도 성공적인 DNA증폭을 보였다
4. dNTPs농도는 200~400μM 수준이 적당하였다.
5. Primer의 농도가 높아짐에 따라 band의 선명도가 증가하는 경향을 보였으며 200nM이상의 농도에서 뚜렷한 band가 관측되었다.
6. 공시된 두조합에서 모두 annealing 온도가 높아짐에 따라 minor band의 수가 줄어들고 major band의 선명도가 증가했다.
7. 본 실험의 결과는 3mM의 MgCl₂, 1.5U의 Taq, DNA polymerase, 10ng의 template DNA, 200μM의 dNTPs, 200nM의 primer, 그리고 42℃의 annealing 온도가 고추의 random primer를 이용한 PCR이 적정수준이 될 수 있음을 제시하였다.
Factors affecting PCR have been optimized as a fundamental study in developing RAPD markers to protect breeder's right for new cultivars in Capsicums. DNA amplification was directly influenced by MgCl₂ concentration and the result showed that the minimum concentration required for PCR in Capsicums was 3mM. Although there was a difference between two pepper combinations tested, it was observed that over 1.5U of Taq. DNA polymerase was effective in DNA amplification. A successful DNA amplification was obtained with 10ng of template DNA, the smallest amount tested in this experiment. The proper level of dNTPs was the range between 200 and 400μM. There was a tendency that the intensity of bands was increased as the concentration of random primer increased and clear bands were observed with the concentration above 200nM. In both pepper combinations tested, the number of nonspecific bands was decreased and the intensity of major bands was increased as the annealing temperature was increased. The results suggested that the optimum conditions for PCR with random primer in Capsicums could be obtained with 3mM of MgCl₂, 1.5U of Taq. DNA polymerase, 10ng of template DNA, 200μM of dNTPs, 200nM of random primer, and 42℃ of annealing temperature.
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