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Comparison of DNA extraction methods for drug susceptibility testing by allele-specific primer extension on a microsphere-based platform: Chelex-100 (in-house and commercialized) and MagPurix TB DNA Extraction Kit
저자
Kang, Minji ; Yang, Jeong Seong ; Kim, Yoojeong ; Kim, Kyungjong ; Choi, Hongjo ; Lee, Seung Heon
발행기관
학술지명
권호사항
발행연도
2018
작성언어
-주제어
등재정보
SCI,SCIE,SCOPUS
자료형태
학술저널
수록면
105-108(4쪽)
제공처
<P><B>Abstract</B></P> <P>Tuberculosis (TB), caused by infections of the <I>Mycobacterium tuberculosis</I> (MTB) complex, is the ninth leading cause of death worldwide, and several molecular approaches for MTB species identification and the detection of mutations associated with drug resistance have been developed to date. We previously developed a diagnostic assay for drug susceptibility testing that can detect mutations conferring resistance to anti-TB drugs using allele-specific primer extension on a microsphere-based platform for multiplex polymerase chain reaction. The aim of the present study was to optimize this diagnostic assay based on the evaluation of three methods for extracting mycobacterial DNA from clinical samples. Mycobacterial DNA of 81 samples was digested and decontaminated by <I>N</I>-acetyl-<SMALL>L</SMALL>-cysteine-2% NaOH and then extracted using three methods: “in-house” 5% Chelex-100 chelating resin, InstaGene Matrix, and MagPurix TB DNA Extraction Kit. The former two methods are manual extraction methods, whereas the MagPurix TB DNA Extraction Kit is an automated extraction method used with the MagPurix 12 s automated nucleic acid purification system. The extracted DNA was then subjected to our diagnostic assay, and the results were compared among methods. The magnetic bead method exhibited a higher extraction efficiency and resulted in greater diagnostic efficacy than the two resin-based methods with respect to both target gene detection and acid-fast bacilli smear grades. Therefore, the MagPurix TB DNA Extraction Kit is the optimal MTB DNA extraction method for our diagnostic assay of TB drug susceptibility testing.</P> <P><B>Highlights</B></P> <P> <UL> <LI> Magnetic beads extract DNA of greater purity than that extracted by resin. </LI> <LI> Magnetic bead DNA extraction had higher efficiency in detection of TB genes. </LI> <LI> The automated extraction system is technically simple and completely closed. </LI> <LI> Magnetic bead extraction is optimal for anti-TB drug susceptibility gene testing. </LI> </UL> </P>
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