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Comparative transcriptome analysis of Sweetpotato (Ipomoea batatas L.) and discovery of genes involved in starch biosynthesis
저자
Kou Meng (Chinese Academy of Agricultural Sciences) ; Su Zai-Xing (Chinese Academy of Agricultural Sciences) ; Zhang Yun-Gang (Chinese Academy of Agricultural Sciences) ; Li Qiang (Chinese Academy of Agricultural Sciences)
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2020
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English
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KCI등재,SCOPUS,SCIE
자료형태
학술저널
수록면
713-723(11쪽)
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0
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Sweetpotato, Ipomoea batatas L., Convolvulaceae, rich in starch, is a major staple economically important root crop world wide. Limited functional genomics resources and whole genome studies could be improved through the development of next-generation sequencing technologies. Illumina sequencing of three sweetpotato varieties, Xushu 18, Xu 781 and Xushu 25, including de novo transcriptome assembly, functional annotation, and diferential expression of potential starch biosyn thesis-related genes are described. A total of 2508, 1807 and 3169 Mb clean reads were generated for Xushu 18, Xu 781 and Xushu 25, and were assembled into 32,112, 35,788 and 36,955 unigenes with an average length of 787, 802 and 824 bp, respectively. BLAST against the NCBI non-redundant protein, the Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) and the Gene Ontology (GO) databases have classifed these unigenes into functional categories for understanding gene functions and regulation pathways. The proportion of up-regulated DEGs was lower than that of the down-regulated DEGs among three sweetpotato cultivars. The similar proportion of the up/down-regulated gene number was presented between Xushu 25 and one of its parents (Xushu18 and Xu 781). Moreover, 14 unigenes related to starch biosynthesis in Xushu 18 and Xu 781were searched out from the transcriptome sequencing data. Furthermore, gene expression of these genes in storage root during diferent developing stages was also investigated, 6 types of gene expression patterns were summarized. The novel sequence dataset developed in this study will be helpful for the further genetic characterization and studies of starch biosynthesis in sweetpotato.
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연월일 | 이력구분 | 이력상세 | 등재구분 |
---|---|---|---|
2023 | 평가예정 | 해외DB학술지평가 신청대상 (해외등재 학술지 평가) | |
2020-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (해외등재 학술지 평가) | KCI등재 |
2012-01-01 | 평가 | 등재학술지 선정 (등재후보2차) | KCI등재 |
2011-01-01 | 평가 | 등재후보 1차 PASS (등재후보1차) | KCI후보 |
2009-01-01 | 평가 | SCIE 등재 (신규평가) | KCI후보 |
2005-10-31 | 학회명변경 | 영문명 : Korea Society Of Plant Biotechnology -> Korean Society for Plant Biotechnology |
기준연도 | WOS-KCI 통합IF(2년) | KCIF(2년) | KCIF(3년) |
---|---|---|---|
2016 | 1.42 | 0.21 | 0.88 |
KCIF(4년) | KCIF(5년) | 중심성지수(3년) | 즉시성지수 |
0.71 | 0.59 | 0.264 | 0.12 |
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