SCOPUS
SCIE
Transcriptome sequencing of gingival biopsies from chronic periodontitis patients reveals novel gene expression and splicing patterns
저자
Kim, Yong-Gun ; Kim, Minjung ; Kang, Ji Hyun ; Kim, Hyo Jeong ; Park, Jin-Woo ; Lee, Jae-Mok ; Suh, Jo-Young ; Kim, Jae-Young ; Lee, Jae-Hyung ; Lee, Youngkyun
발행기관
학술지명
권호사항
발행연도
2016
작성언어
-주제어
등재정보
SCOPUS,SCIE
자료형태
학술저널
수록면
28
제공처
<P><B>Background</B></P><P>Periodontitis is the most common chronic inflammatory disease caused by complex interaction between the microbial biofilm and host immune responses. In the present study, high-throughput RNA sequencing was utilized to systemically and precisely identify gene expression profiles and alternative splicing.</P><P><B>Methods</B></P><P>The pooled RNAs of 10 gingival tissues from both healthy and periodontitis patients were analyzed by deep sequencing followed by computational annotation and quantification of mRNA structures.</P><P><B>Results</B></P><P>The differential expression analysis designated 400 up-regulated genes in periodontitis tissues especially in the pathways of defense/immunity protein, receptor, protease, and signaling molecules. The top 10 most up-regulated genes were <I>CSF3</I>, <I>MAFA</I>, <I>CR2</I>, <I>GLDC</I>, <I>SAA1</I>, <I>LBP</I>, <I>MME</I>, <I>MMP3</I>, <I>MME-AS1</I>, and <I>SAA4</I>. The 62 down-regulated genes in periodontitis were mainly cytoskeletal and structural proteins. The top 10 most down-regulated genes were <I>SERPINA12</I>, <I>MT4</I>, <I>H19</I>, <I>KRT2</I>, <I>DSC1</I>, <I>PSORS1C2</I>, <I>KRT27</I>, <I>LCE3C</I>, <I>AQ5</I>, and <I>LCE6A</I>. The differential alternative splicing analysis revealed unique transcription variants in periodontitis tissues. The EDB exon was predominantly included in <I>FN1</I>, while exon 2 was mostly skipped in <I>BCL2A1</I>.</P><P><B>Conclusions</B></P><P>These findings using RNA sequencing provide novel insights into the pathogenesis mechanism of periodontitis in terms of gene expression and alternative splicing.</P><P><B>Electronic supplementary material</B></P><P>The online version of this article (doi:10.1186/s40246-016-0084-0) contains supplementary material, which is available to authorized users.</P>
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