KCI등재
남조류 군집분석을 위한 분자생물학적 기법 적용 = Molecular Biological Technique Recruitment for Cyanobacterial Diversities
저자
박종환 ( Jong-hwan Park ) ; 김동호 ( Dong-ho Kim ) ; 조양석 ( Yang-seok Cho ) ; 장남익 ( Nam-ik Chang ) ; 한영운 ( Yeong-un Han ) ; 이기완 ( Ki-wan Lee )
발행기관
학술지명
한국환경기술학회지(Journal of Korean Society Environmental Technology)
권호사항
발행연도
2007
작성언어
Korean
주제어
등재정보
KCI등재
자료형태
학술저널
수록면
127-137(11쪽)
제공처
분자생물학적 기법을 이용한 남조류의 군집분석을 위해 시료채취 과정과 DNA의 추출, 중합효소 연쇄반응(PCR), 핵산변성물질구배전기영동(DGGE)을 수행하여 일련의 과정을 실험적으로 제시하였다. 기존의 관행적인 분석과 비교하여 남조류의 분자생물학적 기법을 적용한 군집의 해석이 우위에 위치하려면 대량으로 재현성 있으며 신뢰할 만한 분석 방법을 확보하여야 한다. 다량의 시료를 확보하고 분석하기 위해서 일상적으로 사용하는 GF/C 여과지에 시료를 채취하여 DNA 추출 때까지 -20℃에 보관하였다. 남조류 특이적인 16S rDNA를 표적으로 하는 Hot start PCR 방법을 수행하여 약 450 bp의 산물을 얻었다. 이는 분리를 위하여 35%에서 65% 사이의 변성물질 구배를 갖는 아크릴아미드 gel에서 전개되었다. 전개된 각 종의 band는 Syber Green 염색으로 Dark Reader transilluminator에서 확인되고 촬영하였다
더보기Cyanobacteria was collected from Juam Lake by filtration. In the cell concentration step, the filter (GF/C, 47mm diameter) was put on the filtration device, 400 ml Juam Lake water samples were poured into funnel, filtered by vacuum pump and we stored the GF/C filter at -20℃ until they prepared for DNA purification step. For DNA purification, general gram negative bacteria lysis method were used. We adapted PCR primers CYA359F(containing of GC clamp for DGGE) and CYA781R described originally by Nubel et al (1997) for cyanobacterial specific 16S rDNA. Hot start PCR method were used for preventing from non specific annealing. The PCR products were separated on a 1.5 mm-thick vertical gel containing 6% (wt/wol) polyacrylamide and a liner gradient of the denaturants urea and formamide, increasing from 35% at the top of the gel to 65% at the bottom. Electrophoresis was performed in TAE buffer for 17 h at 100V. The gel was stained for 20 min in a kind of SYBR stain and red with a Dark Reader transilluminator. A small piece of gel from the middle of the target band was excised from the DGGE gel and incubated in elution buffer. The eluent was reamplified by using the original primer set and run on agarose gel for confirm its identity.
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