KCI등재
제주흑돈 산육형질의 후보유전자 탐색을 위한 전장유전체 분석 및 유전체 육종가 정확도 평가
저자
김원 (우리손F&G) ; 정종현 (㈜정P&C 연구소) ; 이상민 (전북대학교) ; 나종삼 (전북대학교) ; 황도연 (축산물품질평가원) ; 정영철 (정 P&C 연구소) ; 이득민 연구자관계분석
발행기관
경상대학교 농업생명과학연구원(Institute of Agriculture & Life Sciences, Gyeongsang National University)
학술지명
권호사항
발행연도
2021
작성언어
Korean
주제어
등재정보
KCI등재
자료형태
학술저널
수록면
91-96(6쪽)
KCI 피인용횟수
0
DOI식별코드
제공처
소장기관
본 연구는 제주지역에서 사육되고 있는 제주 재래돼지기반의 제주흑돈(제주재래돼지 합성돈)에 대하여 산육형질인 등지방 두께, 일당증체량, 90 kg 도달일령에 대한 후보유전자 탐색을 위해 전장유전체 분석을 실시하였고, 유전체 육종가의 정확도 비교를 위해 베이지안 방법(BayesB, BayesC), π(0.00, 0.50, 0.90, 0.99)값과 개체 자신과 후대의 정보만 포함하고 조상의 정보에 대해 정보를 보정한 DEBVexcPA (Deregressed EBV exlude parents average)와 부모 평균을 포함한 DEBVincPA (Deregressed EBV include parents average)의 반응변수를 이용하였다. 산육형질에 대한 전장유전체 분석을 실시한 결과 등지방두께는 KIAA1549 유전자(SSC18 at 11Mb region), 일당증체량과 90 kg 도달일령에서 POLD3(SSC9 at 9Mb region), STX6(SSC9 at 134Mb region) 유전자가 공통적으로 탐색되었다. 유전체의 정확도 범위는 일당증체량 BayesB의 경우 DEBVexcPA와 DEBVincPA에서 각각 0.285~0.305와 0.497~0.510과 BayesC에서 0.287~0.296와 0.499~0.511으로 추정되었다. 90 kg 도달일령은 BayesB에서 DEBVexcPA와 DEBVincPA는 각각 0.284~0.305와 0.497~0.510, BayesC에서는 0.284~0.296와 0.498-0.511로 추정되었다. 특히, 등지방두께의 유전체 정확도가 BayesB방법론의 DEBVincPA에서 0.625로 가장 높게 추정되었다. 제주흑돈의 산육형질에 대한 유전적인 개량 속도를 가속화하기 위해 유전체 선발법을 적용하는데 있어 부모 평균을 포함한 DEBVincPA (Deregressed EBV include parents average)의 반응변수를 이용하는 것이 바람직하다고 판단된다.
더보기This study investigated the genomic prediction accuracy for backfat thickness (BF), average daily gain (ADG) and days to 90 kg (DAYS) of Jeju Black pigs. The genome-wide association study (GWAS) was performed by using Illumina porcine80Kv1. The BayesB and BayesC methods with various π(0.00, 0.50, 0.90, 0.99) and weighted response variables (DEBVincPA and DEBVexcPA) were used to estimate SNP effects. In GWAS, KIAA1549 gene (SSC18 at 11Mb region) was found at backfat thickness, and POLD3 (SSC9 at 9Mb region) and STX6 genes (SSC9 at 134Mb region) were commonly identified at the DAYS and ADG. The genomic prediction accuracy for BF using BayesB ranges from 0.479 to 0.495 for DEBVexcPA, and 0.617 to 0.625 for DEBVincPA, whereas the BayesC based ranges were 0.471 to 0.490, 0.615 to 0.623, respectively. In the ADG, using BayesB ranges from 0.285 to 0.305 for DEBVexcPA, and 0.568 to 0.613 for DEBVincPA, whereas the BayesC based ranges were 0.287 to 0.296, 0.499 to 0.511, respectively. The traits of DAYS using BayesB ranges from 0.284 to 0.305 for DEBVexcPA, and 0.497 to 0.510 for DEBVincPA, whereas the BayesC based ranges were 0.284 to 0.296, 0.498 to 0.511, respectively. In particular, the genomic prediction accuracy of BF was estimated to be 0.625 in the DEBVincPA of BayesB method, and it was found that the genetic improvement rate for BF, which is the most important issue in Jeju black pigs, can be accelerated by adding genomic information to the traditional BLUP methods.
더보기분석정보
연월일 | 이력구분 | 이력상세 | 등재구분 |
---|---|---|---|
2028 | 평가예정 | 재인증평가 신청대상 (재인증) | |
2022-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (재인증) | KCI등재 |
2019-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (계속평가) | KCI등재 |
2016-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (계속평가) | KCI등재 |
2012-06-29 | 학술지명변경 | 외국어명 : 미등록 -> Journal of Agriculture & Life Science | KCI등재 |
2012-04-13 | 학회명변경 | 영문명 : Institute of Agriculture & Life Scienes Gyeongsang National University -> Institute of Agriculture & Life Science, Gyeongsang National University | KCI등재 |
2012-01-01 | 평가 | 등재 1차 FAIL (등재유지) | KCI등재 |
2009-01-01 | 평가 | 등재학술지 선정 (등재후보2차) | KCI등재 |
2008-01-01 | 평가 | 등재후보 1차 PASS (등재후보1차) | KCI후보 |
2006-01-01 | 평가 | 등재후보학술지 선정 (신규평가) | KCI후보 |
기준연도 | WOS-KCI 통합IF(2년) | KCIF(2년) | KCIF(3년) |
---|---|---|---|
2016 | 0.37 | 0.37 | 0.35 |
KCIF(4년) | KCIF(5년) | 중심성지수(3년) | 즉시성지수 |
0.37 | 0.37 | 0.581 | 0.07 |
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