DNA·RNA Heteroduplex Containing 8-Oxo-7,8-dihydroguanosine: Base Pairing, Structures, and Thermodynamic Stability
저자
Kim, Sang-Kook ; Lee, Sung-Hwa ; Kwon, Oh-Shin ; Moon, Byung-Jo
발행기관
학술지명
권호사항
발행연도
2004
작성언어
English
주제어
자료형태
학술저널
수록면
657-662(6쪽)
제공처
Oligoribonucleotides containing 8-oxo-7,8-dihydroguanosine (8-oxoG) and 8-oxo-7,8-dihydro-2'-O-methylguanosine (8-oxoG-Me) were synthesized. The base pairing properties of 8-oxoG and 8-oxoG-Me in oligoribonucleotide in cDNA synthesis by reverse transcriptases were studied. dCMP was preferentially incorporated into the site opposite 8-oxoG or 8-oxoG-Me than into other dNMPs. TMP and dCMP were inserted preferentially into sites opposite 8-oxoG or 8-oxoG by reverse transcriptases. HIV-RT did not incorporate TMP, but RAV2-RT incorporated 50% more TMP than dCMP into the site opposite 8-oxoG. In the site opposite 8-oxoG-Me TMP was substantially incorporated by HIV-RT or RAV2-RT. Thermodynamic analysis of the DNA. RNA heteroduplex containing 8-oxoG revealed that 8-oxoG and 8-oxoG-Me formed base pairs with cytidine and thymidine with similar stability. The thermodynamic parameter (${\Delta}G^{\circ}$) demonstrated that the formation of duplexes between 8-oxoG or 8-oxoG-Me and cytidine or thymidine is more thermodynamically favorable than with adenosine and guanosine. However, differences in the melting temperature and ${\Delta}G^{\circ}$'s of 8-oxoG/dC and 8-oxoG/T were much smaller than between G/dC and G/T. CD spectra showed that DNA . RNA containing 8-oxoG or 8-oxoG-Me duplexes showed similarities between the A-type RNA and B-type DNA conformations.
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