SCOPUS
KCI등재
SCIE
The Complete Mitochondrial DNA Sequence of the Jeju Salamander, Hynobius quelpaertensis, and the Phylogenetic Relationships among the Hynobiidae
저자
발행기관
학술지명
권호사항
발행연도
2007
작성언어
-주제어
KDC
476.105
등재정보
SCOPUS,KCI등재,SCIE
자료형태
학술저널
발행기관 URL
수록면
331-341(11쪽)
제공처
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We sequenced and characterized the complete mitochondrial genome of the Jeju salamander Hynobius quelpaertensis (Caudata, Hynobiidae). This genome, consisting of 16,407 base pairs (bp), encoded genes for 13 protein-coding genes, two ribosomal RNAs, 22 transfer RNAs, and a noncoding control region as found in other vertebrates. Most of genes from H. quelpaertensis were encoded on the H-strand, while the ND6 and eight tRNA (Gln, Ala, Asn, Cys, Tyr, Ser-UCN, Glu, and Pro) genes were encoded on the L-strand. All mitochondrial protein-coding genes began with an ATG start codon except for CO1, which started with the GTG. Open reading frame of H. quelpaertensis ended with TAA (ND2, CO1, ATPase 8, ATPase 6, ND3, and ND4L), TAG (ND1), AGA (ND6) or incomplete stop codons, TA (CO3, ND5, and CytB) or T (CO2 and ND4). The origin of L-strand replication in H. quelpaertensis was located in a cluster of five tRNA genes (WANCY) and was 36 nucleotides in length. A major noncoding region between the tRNA-Pro and tRNA-Phe genes (806 bp) was considered to be the control region. Within this sequence, we identified a conserved sequence block characteristic of this region. According to the maximum likelihood analyses, the Jeju salamander was grouped with H. leechii, which showed a 100% bootstrap support for their divergence. However, the homologous identity of 13 protein-coding genes ranged from 89 to 93%. These findings are useful for inferring the biogeographic and phylogenetic studies within the Hynobiidae family, and in particular, the Hynobius species in Korea.
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