KCI등재
SCOPUS
SCIE
Evolution and diversity studies of innate immune genes in Indian buffalo (Bubalus bubalis) breeds using next generation sequencing
저자
Shreya Patel (Anand Agricultural University) ; Jalpa Thakkar (Anand Agricultural University) ; Subhash Jakhesara (Anand Agricultural University) ; Anand Patel (Anand Agricultural University) ; Sachinandan De (National Dairy Research Institute) ; Chaitanya Joshi (Anand Agricultural University) ; Prakash Koringa (Anand Agricultural University) 연구자관계분석
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학술지명
권호사항
발행연도
2017
작성언어
English
주제어
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KCI등재,SCOPUS,SCIE
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학술저널
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1237-1247(11쪽)
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0
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Indian buffalo (Bubalus bubalis) breeds are acknowledged for their disease resistance power, hardiness and considerable milk production. River buffaloes are more disease resistance despite of tropical environment of India than cattle breeds of the world. The genetic polymorphisms of innate immune genes play a prominent role in disease susceptibility of livestock. Here in our study, we mainly focused on SNPs in ten selected candidate innate immune genes viz CHGA, CHGB, CHGC, Slc11a1, Slc11a2, DEFB1, BNBD4, BNBD5, LAP and TAP among three most economically important Indian buffalo breeds viz., Jaffrabadi, Mehsani and Murrah using amplicon sequencing on Ion torrent PGM sequencing platform. Polymorphism identification using by GATK tool of Unified Genotyper revealed 274, 245 and 224 high quality SNPs in Jaffrabadi, Mehsani and Murrah buffalo breeds, respectively as well as 168 common SNPs among these three breeds and uniquely detected SNPs were 31, 15 and 37 SNPs in Jaffrabadi, Mehsani and Murrah breeds respectively. Consequences of non-synonymous SNPs were analysed using several computational tools viz., I-Mutant, SIFT, PolyPhen and PROVEAN which identified three deleterious nsSNPs.
This wealth of sequence information will be productive for conservation studies, selective breeding and designing future strategies for identifying disease associations.
분석정보
연월일 | 이력구분 | 이력상세 | 등재구분 |
---|---|---|---|
2023 | 평가예정 | 해외DB학술지평가 신청대상 (해외등재 학술지 평가) | |
2020-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (해외등재 학술지 평가) | KCI등재 |
2015-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | KCI등재 |
2012-05-07 | 학술지명변경 | 한글명 : 한국유전학회지 -> Genes & Genomics | KCI등재 |
2011-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | KCI등재 |
2009-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | KCI등재 |
2008-04-14 | 학술지명변경 | 외국어명 : Korean Journal of Genetics -> Genes and Genomics | KCI등재 |
2007-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | KCI등재 |
2004-01-01 | 평가 | 등재학술지 선정 (등재후보2차) | KCI등재 |
2003-01-01 | 평가 | 등재후보 1차 PASS (등재후보1차) | KCI후보 |
2002-01-01 | 평가 | 등재후보학술지 유지 (등재후보1차) | KCI후보 |
1999-07-01 | 평가 | 등재후보학술지 선정 (신규평가) | KCI후보 |
기준연도 | WOS-KCI 통합IF(2년) | KCIF(2년) | KCIF(3년) |
---|---|---|---|
2016 | 0.51 | 0.12 | 0.38 |
KCIF(4년) | KCIF(5년) | 중심성지수(3년) | 즉시성지수 |
0.32 | 0.27 | 0.258 | 0.02 |
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