SCOPUS
KCI등재
Comparative Genomic Analysis of Lactobacillus rhamnosus BFE5264, a Probiotic Strain Isolated from Traditional Maasai Fermented Milk
저자
Jeong, Haeyoung ; Choi, Sanghaeng ; Park, Gun-Seok ; Ji, Yosep ; Park, Soyoung ; Holzapfel, Wilhelm Heinrich ; Mathara, Julius Maina ; Kang, Jihee 연구자관계분석
발행기관
The Korean Society for Microbiology and Biotechnology(The Korean Society for Applied Microbiology)
학술지명
한국미생물·생명공학회지 (Korean Journal of Microbiology and Biotechnology)
권호사항
발행연도
2019
작성언어
English
주제어
등재정보
SCOPUS,KCI등재
자료형태
학술저널
발행기관 URL
수록면
25-33(9쪽)
제공처
Lactobacillus rhamnosus BFE5264, isolated from a Maasai fermented milk product ("kule naoto"), was previously shown to exhibit bile acid resistance, cholesterol assimilation, and adhesion to HT29-MTX cells in vitro. In this study, we re-annotated and analyzed the previously reported complete genome sequence of strain BFE5264. The genome consists of a circular chromosome of 3,086,152 bp and a putative plasmid, which is the largest one identified among L. rhamnosus strains. Among the 2,883 predicted protein-coding genes, those with carbohydrate-related functions were the most abundant. Genome analysis of strain BFE5264 revealed two consecutive CRISPR regions and no known virulence factors or antimicrobial resistance genes. In addition, previously known highly variable regions in the genomes of L. rhamnosus strains were also evident in strain BFE5264. Pairwise comparison with the most studied probiotic strain L. rhamnosus GG revealed strain BFE5264-specific deletions, probably due to insertion sequence-mediated recombination. The latter was associated with loss of the spaCBA pilin gene cluster and exopolysaccharide biosynthetic genes. Comparative genomic analysis of the sequences from all available L. rhamnosus strains revealed that they were clustered into two groups, being within the same species boundary based on the average nucleotide identities. Strain BFE5264 had a sister group relationship with the group that contained strain GG, but neither ANI-based hierarchical clustering nor core-gene-based phylogenetic tree construction showed a clear distinctive pattern associated with the isolation source, implying that the genotype alone cannot account for their ecological niches. These results provide insights into the probiotic mechanisms of strain BFE5264 at the genomic level.
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