Ribosomal DNA의 nontranscribed spacer 부위 반복요소의 증폭에 의한 Trichophyton rubrum의 균주간 동정 = Strain typing of Trichophyton rubrum by specific amplification of subrepeat elements in the ribosomal DNA nontranscribed spacer region
목적 : Trichophyton(T.) rubrum은 조갑진균증을 포함하여 피부사상균증을 일으키는 중요한 피부사상균이다. T.rubrum의 균주간 동정은 피부사상균증의 역학 및 발병기전에 대한 연구, 특히 조갑백선 치료 후 재발하는 경우 재발과 재감염을 구분할 수 있다. 최근 ribosornal DNA(rDNA)의 nontranscribed spacer(NTS)부위에 반복요소(tandemly repetitive subelements, TRSs)를 중합효소 연쇄반응으로 증폭하여 T.rubrum의 균주간의 동정이 가능하여 본 연구를 시도하였다.
재료 및 방법 : 환자에서 분리된 T. rubrum 18주와 표준 균주 1주를 포함하여 총 19주를 Sabouraud 액체배지에서 배양한 후 glass bead법으로 진균 DNA를 분리하여 진균핵내의 rDNA와 NTS 부위에 반복요소 1 및 2(TRS-1, TRS-2)를 중합요소 연쇄반응으로 증폭하였다.
결과 : TRS-1 반복 부위에 9가지와 TRS-2 반복부위에 11가지의 PCR 산물의 밴드가 나타났으며 PCR형의 조합으로 T.rubrum 19균주를 14가지형으로 구분할 수 있었다. TRS-1 반복 부위의 PCR 산물의 밴드는 PCR형 1+2형이 가장 많았고, TRS-2 반복 부위의 PCR 산물의 밴드는 PCR형 Ⅱ형이 가장 많았다.
결론 : T. rubrum의 NTS 부위의 반복 요소 1 및 2에 대한 중합효소 연쇄반응은 PCR형에 의한 T. rubrum의 균주간의 동정에 유용하였으며, 향후 T. rubrum 감염의 역학과 발병기전을 밝히는데 도움이 될 것이다.
Background : Trichophyton (T.) rubrum is an important etiologic agent of dermatophytosis including onychomycosis. Although strain typing is essential for epidemiologic studies, strain typing of T. rubrum is difficult. Recently strain typing of T. rubrum using molecular method in the ribosomal DNA(rDNA) nontranscribed spacer(NTS) region have been successful. We investigated the strain typing of T. rubrum by specific amplification of tandemly repetitive subelements (TRSs) in the rDNA NTS region.
Methods : 19 strains of T. rubrum(18 clinical isolates of T. rubrum and 1 strain of T. rubrum IFM 45626) were cultured on Sabouraud dextrose broth and their DNA were extracted by bead-beating method. PCR of specific amplification of TRS-1 and TRS-2 was done.
Results : Specific amplification of TRS-1 and TRS-2 produced strain characteristic banding patterns(PCR types), with 9 TRS-1 and 11 TRS-2 PCR types from 19 strains of T. rubrum, and in combination, 14 separate PCR types were recognized by amplification of both TRS-1 and TRS-2. Complex pattern representing 1 plus 2 copies of TRS-1 and simple pattern showing 2 copies of TRS-2 were frequently observed among 19 strains of T. rubrum.
Conclusion : The specific amplification of subrepeat element in the rDNA NTS region provided useful information for strain typing of T. rubrum.
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