KCI등재
SCOPUS
SCIE
Transcriptome sequencing provides insights into the metabolic pathways of patchouli alcohol and pogostone in Pogostemon cablin (Blanco) Benth
저자
Cheng Peng (Chengdu University of Traditional Chinese Medicine) ; Yang He (Chengdu University of Traditional Chinese Medicine) ; Cao Deng (DNA Stories Bioinformatics Center) ; Liang Xiong (Chengdu University of Traditional Chinese Medicine) ; Shishang Qin (DNA Stories Bioinformatics Center) 연구자관계분석
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학술지명
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발행연도
2016
작성언어
English
주제어
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KCI등재,SCOPUS,SCIE
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학술저널
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1031-1039(9쪽)
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9
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Pogostemon cablin (Blanco) Benth. is an important medicinal plant; however, its molecular biology remains largely unexplored. Here, we report the results of whole transcriptome-wide analyses of P. cablin using nextgeneration sequencing technology. In the present study, we generated 108,996 unigenes using RNA sequencing data.
Among these unigenes, 65,536 were annotated in the NR database. There were 40,670 intact open reading frames (ORFs), which accounted for 69 % of the 58,820 predicted ORFs, demonstrating that our assembled transcriptome was of high quality. Gene expression levels in the leaf and stem were quantified, and 18,481 unigenes (17 %) were determined to be significantly differentially expressed. The patchouli alcohol (PA) and pogostone (PO) metabolic pathway of P. cablin was also reconstructed, and among the 17 putative homologs to PA and PO biosynthesis-related genes, seven were significantly upregulated in the stems, and three genes were significantly upregulated in the leaves. The correlation between the essential oil contents of P. cablin and the potentially pivotal genes for PA and PO production were identified. Considering that the contents of PA and PO in leaves and stems are markedly different in the same plant and we did not detect any pattern in the expression levels of candidate genes between leaves and stems, we speculate that after the biosynthesis, more PA probably accumulates in the leaves, and more PO in the stems of P. cablin. The transcriptome of P. cabin will facilitate further researches on the molecular system biology of the Pogostemon genus, as well as the in-depth studyies of PA and PO biosynthesis and its potential applications for genetic engineering.
분석정보
연월일 | 이력구분 | 이력상세 | 등재구분 |
---|---|---|---|
2023 | 평가예정 | 해외DB학술지평가 신청대상 (해외등재 학술지 평가) | |
2020-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (해외등재 학술지 평가) | KCI등재 |
2015-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | KCI등재 |
2012-05-07 | 학술지명변경 | 한글명 : 한국유전학회지 -> Genes & Genomics | KCI등재 |
2011-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | KCI등재 |
2009-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | KCI등재 |
2008-04-14 | 학술지명변경 | 외국어명 : Korean Journal of Genetics -> Genes and Genomics | KCI등재 |
2007-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | KCI등재 |
2004-01-01 | 평가 | 등재학술지 선정 (등재후보2차) | KCI등재 |
2003-01-01 | 평가 | 등재후보 1차 PASS (등재후보1차) | KCI후보 |
2002-01-01 | 평가 | 등재후보학술지 유지 (등재후보1차) | KCI후보 |
1999-07-01 | 평가 | 등재후보학술지 선정 (신규평가) | KCI후보 |
기준연도 | WOS-KCI 통합IF(2년) | KCIF(2년) | KCIF(3년) |
---|---|---|---|
2016 | 0.51 | 0.12 | 0.38 |
KCIF(4년) | KCIF(5년) | 중심성지수(3년) | 즉시성지수 |
0.32 | 0.27 | 0.258 | 0.02 |
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