KCI등재
차세대 염기서열 분석을 이용한 굴참나무(Quercus variabilis)의 microsatellite 마커 개발 및 특성 분석 = Identification and Characterization of Polymorphic Microsatellite Loci using Next Generation Sequencing in Quercus variabilis
저자
백승훈 ( Seung Hoon Baek ) ; 이제완 ( Jei Wan Lee ) ; 홍경낙 ( Kyung Nak Hong ) ; 이석우 ( Seok Woo Lee ) ; 안지영 ( Ji Young Ahn ) ; 이민우 ( Min Woo Lee ) 연구자관계분석
발행기관
학술지명
권호사항
발행연도
2016
작성언어
Korean
주제어
KDC
526
등재정보
KCI등재
자료형태
학술저널
수록면
186-192(7쪽)
KCI 피인용횟수
2
DOI식별코드
제공처
본 연구는 차세대 염기서열 분석방법을 이용하여 굴참나무의 microsatellite 마커를 개발하고 특성을 분석하기 위해 수행되었다. GS-FLX Titanium 차세대 염기서열 분석 장비를 이용하여 305,771개의 read를 얻었고, 117 Mbp의 데이터를 생산하였다. De novo assembly를 통하여 7,326개의 contig를 확보하였다. 크기가 500 bp 이상이 되는 contig는 2,921개로 나타났다. 그 중 microsatellite 영역을 포함하는 contig는 606개(20.75%)로 나타났으며, 총 microsatellite의 수는 911개로 확인되었다. 그 중 13개의 microsatellite 유전자좌에서 굴참나무 개체 간 다형성이 관찰 되었다. 이들 microsatellite 유전자좌에 대하여 주왕산 집단에서 관찰된 유효 대립유전자수(Ae)는 평균 4.966(2.439~7.515) 로 나타났다. 평균 이형접합도 관측치(Ho)와 평균 이형접합도 기대치(He)는 각각 0.873(0.731~1.000)과 0.766(0.590~0.867) 으로 나타났다. 다형성이 관찰된 모든 microsatellite 유전자좌에서 null 대립유전자는 관찰되지 않았으며, 마커 간 연 관불평형은 나타나지 않았다. 따라서 본 연구에서 개발된 13개의 microsatellite 마커는 굴참나무 집단의 유전변이 분 석에 유용할 것으로 사료된다.
더보기This study was conducted to develop microsatellite markers in Quercus variabilis using next generation sequencing. A total of 305,771 reads (384 bp on average) were generated on a Roche GS-FLX system, yielding 117 Mbp of sequences. The de novo assembly resulted in 7,346 contigs. A total of 606 contigs (20.75%) including 911 microsatellite loci were derived from the 2,921 contigs longer than 500 bp. A total of 180 primer sets were designed from the 911 microsatellite loci and screened in eight Q. variabilis individual trees sampled from a natural stand to obtain polymorphic loci. As a result, a total of thirteen polymorphic microsatellite loci were selected and used for estimating population genetic parameters in the 54 individual trees. The mean number of effective alleles was 4.996 ranging from 2.439 to 7.515. The observed heterozygosity and the expected heterozygosity ranged between 0.731 and 1.000 with an average of 0.873 and from 0.590 to 0.867 with an average of 0.766, respectively. Null alleles were not detected in all loci. No significant linkage disequilibrium was detected after Bonferroni correction in all loci. In the near future, these novel polymorphic microsatellite markers will be used to study population and conservation genetics of Q. variabilis of Korea in more detail.
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연월일 | 이력구분 | 이력상세 | 등재구분 |
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2027 | 평가예정 | 재인증평가 신청대상 (재인증) | |
2021-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (재인증) | KCI등재 |
2018-01-09 | 학회명변경 | 한글명 : 한국임학회 -> 한국산림과학회영문명 : 미등록 -> Korean Society of Forest Science | KCI등재 |
2018-01-01 | 학술지명변경 | 한글명 : 한국임학회지 -> 한국산림과학회지외국어명 : Journal of Korean Forest Society -> Journal of Korean Society of Forest Science | KCI등재 |
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2003-01-01 | 평가 | 등재후보 1차 PASS (등재후보1차) | KCI후보 |
2002-01-01 | 평가 | 등재후보학술지 유지 (등재후보1차) | KCI후보 |
1999-07-01 | 평가 | 등재후보학술지 선정 (신규평가) | KCI후보 |
기준연도 | WOS-KCI 통합IF(2년) | KCIF(2년) | KCIF(3년) |
---|---|---|---|
2016 | 0.7 | 0.7 | 0.65 |
KCIF(4년) | KCIF(5년) | 중심성지수(3년) | 즉시성지수 |
0.65 | 0.62 | 0.871 | 0.12 |
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