SCOPUS
Postexperiment monoisotopic mass filtering and refinement (PE-MMR) of tandem mass spectrometric data increases accuracy of peptide identification in LC/MS/MS.
저자
Shin, Byunghee ; Jung, Hee-Jung ; Hyung, Seok-Won ; Kim, Hokeun ; Lee, Dongkyu ; Lee, Cheolju ; Yu, Myeong-Hee ; Lee, Sang-Won
발행기관
학술지명
권호사항
발행연도
2008
작성언어
-등재정보
SCOPUS
자료형태
학술저널
수록면
1124-1134(11쪽)
제공처
<P>Methods for treating MS/MS data to achieve accurate peptide identification are currently the subject of much research activity. In this study we describe a new method for filtering MS/MS data and refining precursor masses that provides highly accurate analyses of massive sets of proteomics data. This method, coined 'postexperiment monoisotopic mass filtering and refinement' (PE-MMR), consists of several data processing steps: 1) generation of lists of all monoisotopic masses observed in a whole LC/MS experiment, 2) clusterization of monoisotopic masses of a peptide into unique mass classes (UMCs) based on their masses and LC elution times, 3) matching the precursor masses of the MS/MS data to a representative mass of a UMC, and 4) filtration of the MS/MS data based on the presence of corresponding monoisotopic masses and refinement of the precursor ion masses by the UMC mass. PE-MMR increases the throughput of proteomics data analysis, by efficiently removing 'garbage' MS/MS data prior to database searching, and improves the mass measurement accuracies (i.e. 0.05 +/- 1.49 ppm for yeast data (from 4.46 +/- 2.81 ppm) and 0.03 +/- 3.41 ppm for glycopeptide data (from 4.8 +/- 7.4 ppm)) for an increased number of identified peptides. In proteomics analyses of glycopeptide-enriched samples, PE-MMR processing greatly reduces the degree of false glycopeptide identification by correctly assigning the monoisotopic masses for the precursor ions prior to database searching. By applying this technique to analyses of proteome samples of varying complexities, we demonstrate herein that PE-MMR is an effective and accurate method for treating massive sets of proteomics data.</P>
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