KCI등재
The Association of Long Noncoding RNA LOC105372577 with Endoplasmic Reticulum Protein 29 Expression: A Genome-wide Association Study = ERp29 유전자 발현과 관련된 long noncoding RNA LOC105372577의 전장 유전체 연관성 분석
저자
이소연 (숭실대학교) ; 권기상 (원광보건대학교) ; 고영화 (충남대학교 의과대학의학연구소) ; 권오유 (충남대학교) ; Lee, Soyeon ; Kwon, Kiang ; Ko, Younghwa ; Kwon, O-Yu 연구자관계분석
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2021
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English
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KCI등재
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학술저널
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568-573(6쪽)
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본 연구는 전장 유전체 연관성 분석(genome-wide association study, GWAS)을 통해 ERp29의 mRNA 발현과 관련된 유전좌위(expression quantitative trait loci, eQTL)을 식별하는 것을 목표로 하였다. 대상 유전자는 ERp29이다. ERp29는 소포체(ER)의 lumen에 단백질의 folding & assembly 기능을 가진 분자 chaperone 단백질로서 소포체 스트레스에 의해 발현량이 증가하며, 분비 단백질의 생합성에 관여한다. 최근 연구 결과 발암과 연관성이 알려지면서 주목을 받고 있다. 총 373명의 유럽인의 genome을 대상으로 GWAS 분석 결과, ERp29 유전자 발현은 정소와 뇌에서 강하게 발현하는 long noncoding RNA (LncRNA) LOC105372577과 관계가 있었다. 즉, 3개의 eQTL: rs6138266 (p<4.172e10-9), rs62193420 (p<1.173e10-8), rs6138267 (p<2.041e10-8)와 연관성이 깊은 것으로 밝혀졌다. ERp29의 발현과 연관이 있는 것으로 확인된 3개의 eQTL을 사용한 transcriptome-wide association study (TWAS) 결과 osteosarcoma amplified 9 (OS9) 발현과 유의한 연관성을 보이며 OS9 유전자의 up-stream에 upstream of transcription factor 1 (USF1)이 결합할 수 있는 것을 알았다.
더보기This study identified genomic factors associated with endoplasmic reticulum protein (ERp)29 gene expression in a genome-wide association study (GWAS) of genetic variants, including single-nucleotide polymorphisms (SNPs). In total, 373 European genes from the 1000 Genomes Project were analyzed. SNPs with an allelic frequency of less than or more than 5% were removed, resulting in 5,913,563 SNPs including in the analysis. The following expression quantitative trait loci (eQTL) from the long noncoding RNA LOC105372577 were strongly associated with ERp29 expression: rs6138266 (p<4.172e10), rs62193420 (p<1.173e10), and rs6138267 (p<2.041e10). These were strongly expressed in the testis and in the brain. The three eQTL were identified through a transcriptome-wide association study (TWAS) and showed a significant association with ERp29 and osteosarcoma amplified 9 (OS9) expression. Upstream sequences of rs6138266 were recognized by ChIP-seq data, while HaploReg was used to demonstrate how its regulatory DNA binds upstream of transcription factor 1 (USF1). There were no changes in the expression of OS9 or USF1 following ER stress.
더보기분석정보
연월일 | 이력구분 | 이력상세 | 등재구분 |
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2027 | 평가예정 | 재인증평가 신청대상 (재인증) | |
2021-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (재인증) | KCI등재 |
2018-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | KCI등재 |
2015-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | KCI등재 |
2011-08-03 | 학술지명변경 | 외국어명 : Korean Journal of Life Science -> Journal of Life Science | KCI등재 |
2011-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | KCI등재 |
2009-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | KCI등재 |
2007-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | KCI등재 |
2004-01-01 | 평가 | 등재학술지 선정 (등재후보2차) | KCI등재 |
2003-01-01 | 평가 | 등재후보 1차 PASS (등재후보1차) | KCI후보 |
2001-07-01 | 평가 | 등재후보학술지 선정 (신규평가) | KCI후보 |
기준연도 | WOS-KCI 통합IF(2년) | KCIF(2년) | KCIF(3년) |
---|---|---|---|
2016 | 0.37 | 0.37 | 0.42 |
KCIF(4년) | KCIF(5년) | 중심성지수(3년) | 즉시성지수 |
0.43 | 0.43 | 0.774 | 0.09 |
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