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SCOPUS
Comamonas sp. Strain DJ-12로부터 Protocatechuate의 분해에 관여하는 pmcABCDEFT 유전자군의 구조 분석 = Structure Analysis of pmcABCDEFT Gene Cluster for Degradation of Protocatechuate from Comamonas sp. Strain DJ-12
저자
강철희 ; 이상만 ; 이경 ; 이동훈 ; 김치경 ; Kang Cheol-Hee ; Lee Sang-Mhan ; Lee Kyoung ; Lee Dong-Hun ; Kim Chi-Kyung
발행기관
학술지명
권호사항
발행연도
2005
작성언어
Korean
주제어
등재정보
KCI등재,SCOPUS
자료형태
학술저널
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195-200(6쪽)
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Comamonas sp. strain DJ-12의 pmcABCDEFT 유전자군은 protocatechuate (PCA)의 분해과정에 관여하는 PCA 4,5-dioxygenase, 4-carboxy-2hydroxymuconic semialdehyde (CHMS) dehydrogenase, 2-pyrone04,5-dicarboxylate(PDC) hydrolase, 4-oxalomesaconate (OMA) hydratase, 그리고 4-oxalocitramalate (OCM) aldolase 등의 효소들을 생산하는 유전자들과 transporter의 역학을 하는 유전자로 각각 확인되었다. 이 유전자군은 Comamonas sp. strain DJ-12의 chromosomal DNA로부터 얻은 PCR 산물들을 T-vector에 ligation하여 재조합 플라스미드 pMT1, pMT2, pMT3, pMT4, pMT5, pMT6, pMT7, pMT8, pMT9, pMT10을 제조하였다. 이들 재조합 플라스미드의 염기서열을 분석한 결과 PCA 4,5-dioxygenase 유전자는 alpha(pmcA)와 beta(pmcB) 두 개의 subunit으로 구성 되어있으며, 각각 450 bp와 870 bp이었다. CHMS dehydrogenase 유전자(pmcC)는 960 bp, PDC hydrolase 유전자(pmcD)는 918 bp이였으며, OMA hydratase 유전자(pmcE)는 1029 bp, OCM aldolase 유전자 (pmcF)는 689 bp, 그리고 transporter 유전자(pmcT)는 1,398 bp이였다. 이들 pmc 유전자들은 pmcT-pmcE-pmcF-pmcD-pmcA-pmcB-pmcC의 순서로 배열되어 있었다. Comamonas sp. strain DJ-12의 pmcABCDEFT 유전자산물의 아미노산 서열을 분석한 결과, Comamonas testosteroni BR6020 및 Psedomonas ochraceae NG.J1와 $94{\~}98\%$의 높은 유사성을 보였고, 그 유전자들의 배열 순서도 동일하였다. 그러나 Sphingomonas paucimobilis SYK-6, Sphingomonas sp. LB126, 그리고 Arthrobacter keyser 12B와는 아미노산 서열이 $52{\~}74\%$의 유사성을 보였고, 그 유전자의 배열 구조도 상이하였다.
더보기Comamonas sp. strain DJ-12 is a bacterial isolate capable of degrading of 4-chlorobiphenyl (4CB) as a carbon and energy source. The degradation pathway was characterized as being conducted by consecutive reactions of the meta-degradation of 4CB, hydrolytic dechlorination of 4-chlorobenzoate (4CBA), hydroxylation of 4-hydroxybenzoate, and meta-degradation of protocatechuate to product TCA metabolites. The 6.8 kb fragment from the chromosomal DNA of Comamonas sp. strain DJ-12 included the genes encoding for the meta-degradation of PCA; the genes of protocatechuate 4,5-dioxygenase alpha and beta subunits (pmcA and pmcB), 4-carboxy-2-hydroxymuconate-6-semialdehyde dehydrogenase (pmcC), 2-pyrone-4,6-dicarboxylate hydrolase (pmcD), 4-oxalomesaconate (OMA) hydratase(pmcE), 4-oxalocitramalate (OCM) aldolase (pmcF), and transporter gene (pmcT). They were organized in the order of pmcT-pmcE-pmcF-pmcD-pmcA-pmcB-pmcC. The amino acid sequences deduced from the nucleotide sequences of pmcABCDEFT genes from Comamonas sp. strain DJ-12 exhibited 94 to $98\%$ homologies with those of Comamonas testosteroni BR6020 and Pseudomonas ochraceae NGJ1, but only 52 to $74\%$ with homologies Sphingomonas paucimobilis SYK-6, Sphingomonas sp. LB126, and Arthrobacter keyseri 12B.
더보기분석정보
연월일 | 이력구분 | 이력상세 | 등재구분 |
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2023 | 평가예정 | 해외DB학술지평가 신청대상 (해외등재 학술지 평가) | |
2020-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (해외등재 학술지 평가) | KCI등재 |
2013-12-02 | 학술지명변경 | 외국어명 : The Korean Journal of Microbiology -> Korean Journal of Microbiology | KCI등재 |
2010-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | KCI등재 |
2008-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | KCI등재 |
2006-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | KCI등재 |
2004-01-01 | 평가 | 등재학술지 유지 (등재유지) | KCI등재 |
2001-01-01 | 평가 | 등재학술지 선정 (등재후보2차) | KCI등재 |
1998-07-01 | 평가 | 등재후보학술지 선정 (신규평가) | KCI후보 |
기준연도 | WOS-KCI 통합IF(2년) | KCIF(2년) | KCIF(3년) |
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2016 | 0.21 | 0.21 | 0.21 |
KCIF(4년) | KCIF(5년) | 중심성지수(3년) | 즉시성지수 |
0.26 | 0.24 | 0.48 | 0.02 |
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