An eQTL variant for LKB1 gene and the clinical outcomes of chemotherapy in non-small cell lung cancer = An eQTL variant for LKB1 gene and the clinical outcomes of chemotherapy in non-small cell lung cancer
저자
서혜원 ; ( Deuk Kju Jung ) ; ( Hyo-gyoung Kang ) ; ( Shin Yup Lee ) ; ( Jin Eun Choi ) ; ( Mi Jeong Hong ) ; ( Sook Kyung Do ) ; ( Jang Hyuck Lee ) ; ( Seung Soo Yoo ) ; ( Jaehee Lee ) ; ( Seung Ick Cha ) ; ( Chang Ho Kim ) ; ( Jae Yong Park )
발행기관
대한결핵 및 호흡기학회(The Korean Academy of Tuberculosis and Respiratory Diseases)
학술지명
권호사항
발행연도
2018
작성언어
-주제어
자료형태
학술저널
수록면
285-285(1쪽)
제공처
Background: We conducted this study to identify regulatory variants in cancer-related pathway genes which can predict clinical outcomes of chemotherapy in advanced NSCLC, using a comprehensive list of regulatory SNPs prioritized by RegulomeDB.
Methods: A total of 509 potentially functional SNPs in cancer-related pathway genes were evaluated. The SNPs were analyzed in a discovery set (n=198), and an independent validation set (n=181). The associations of the SNPs with chemotherapy response and overall survival (OS) were analyzed.
Results: In the discovery set, 95 SNPs were significantly associated with clinical outcomes. Among the 95 SNPs, only rs10414193A>G in the intronic region of ARID3A, an eQTL for LKB1, was consistently associated with chemotherapy response and OS in the validation set. In combined analysis, the rs10414193A>G was significantly associated with worse response to chemotherapy (adjusted odds ratio=0.63, 95% CI=0.47-0.85, P=0.002), and with worse OS (adjusted hazard ratio=1.25, 95% CI=1.08-1.45, P=0.004). Luciferase assay showed a significantly higher LKB1 promoter activity associated with rs10414193G allele compared with rs10414193A allele (P=0.0009).
Conclusions: Our results suggest that rs10414193A>G may be useful for the prediction of clinical outcomes of chemotherapy in advanced NSCLC.
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