PRRS 저항성 유전자형 검증 및 신규 마커 개발 (1395041327) / 2015 / 축산시험연구(책임운영) / 이경태 / 국립축산과학원 / 농촌진흥청 / 104,000,000
SCOPUS
SCIE
국가R&D연구논문Whole-genome resequencing analyses of five pig breeds, including Korean wild and native, and three European origin breeds
저자
Choi, Jung-Woo ; Chung, Won-Hyong ; Lee, Kyung-Tai ; Cho, Eun-Seok ; Lee, Si-Woo ; Choi, Bong-Hwan ; Lee, Sang-Heon ; Lim, Wonjun ; Lim, Dajeong ; Lee, Yun-Gyeong ; Hong, Joon-Ki ; Kim, Doo-Wan ; Jeon, Hyeon-Jeong ; Kim, Jiwoong ; Kim, Namshin ; Kim, Tae-Hun
발행기관
학술지명
DNA research(an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes)
권호사항
발행연도
2015
작성언어
-주제어
등재정보
SCOPUS,SCIE
자료형태
학술저널
수록면
259-267(9쪽)
제공처
<P>Pigs have been one of the most important sources of meat for humans, and their productivity has been substantially improved by recent strong selection. Here, we present whole-genome resequencing analyses of 55 pigs of five breeds representing Korean native pigs, wild boar and three European origin breeds. 1,673.1 Gb of sequence reads were mapped to the Swine reference assembly, covering ∼99.2% of the reference genome, at an average of ∼11.7-fold coverage. We detected 20,123,573 single-nucleotide polymorphisms (SNPs), of which 25.5% were novel. We extracted 35,458 of non-synonymous SNPs in 9,904 genes, which may contribute to traits of interest. The whole SNP sets were further used to access the population structures of the breeds, using multiple methodologies, including phylogenetic, similarity matrix, and population structure analysis. They showed clear population clusters with respect to each breed. Furthermore, we scanned the whole genomes to identify signatures of selection throughout the genome. The result revealed several promising loci that might underlie economically important traits in pigs, such as the <I>CLDN1</I> and <I>TWIST1</I> genes. These discoveries provide useful genomic information for further study of the discrete genetic mechanisms associated with economically important traits in pigs.</P>
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