SCOPUS
SCIE
Isoform specific gene expression analysis of <i>KRAS</i> in the prognosis of lung adenocarcinoma patients
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2018
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SCOPUS,SCIE
자료형태
학술저널
수록면
40
제공처
<P><B>Background</B></P><P>Aberrant mutations in <I>KRAS</I> play a critical role in tumor initiation and progression, and are a negative prognosis factor in lung adenocarcinoma (LUAD).</P><P><B>Results</B></P><P>Using genomic analysis for K-Ras isoforms (K-Ras4A and K-Ras4B) and large-scale multi-omics data, we inspected the overall survival (OS) and disease-free survival (DFS) of LUAD patients based on the abundance of transcript variants by analyzing RNA expression and somatic mutation data from The Cancer Genome Atlas (<I>n</I> = 516). The expression of the minor transcript K-Ras4A and its proportion were positively correlated with the presence of <I>KRAS</I> mutations in LUAD. We found that both K-Ras4A abundance measures (expression and proportion) have a strong association with poor OS (<I>p</I> = 0.0149 and <I>p</I> = 3.18E-3, respectively) and DFS (<I>p</I> = 3.03E-4 and <I>p</I> = 0.0237, respectively), but only in patients harboring <I>KRAS</I> mutations. A Cox regression analysis showed significant results in groups with low expression (hazard ratio (HR) = 2.533, 95% confidence interval (CI) = 1.380−4.651, <I>p</I> = 2.72E-3) and low proportion (HR = 2.549, 95% CI = 1.387−4.684, <I>p</I> = 2.58E-3) of K-Ras4A.</P><P><B>Conclusions</B></P><P>Based on the above results, we report the possible use of abundance measures for K-Ras4A for predicting the survival of LUAD patients with <I>KRAS</I> mutations.</P><P><B>Electronic supplementary material</B></P><P>The online version of this article (10.1186/s12859-018-2011-y) contains supplementary material, which is available to authorized users.</P>
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